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写作与研究

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更新于 10-16 06:22

技能介绍

用途:围绕一个研究问题在 PubMed 中检索科学文献,构建优化后的检索式,解析返回结果并提取标题、作者、期刊、年份、摘要、PMID、DOI 等元数据,产出可供后续相关性评估的论文列表。

主要能力:解析用户查询,提取关键词、所需数据类型、日期或期刊等约束及同义词;用 AND、OR、NOT 构造布尔检索式,并支持 [Title/Abstract]、[Title]、[Author]、[Journal]、[Date] 等字段标签;调用 NCBI E-utilities 的 esearch 与 esummary 接口完成检索与元数据获取。

必要用法:检索接口为 https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=YOUR_QUERY&retmax=100&retmode=json&sort=relevance;元数据接口为 https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=PMID1,PMID2&retmode=json。示例命令:curl "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=BTK+inhibitor+selectivity&retmax=100&retmode=json&sort=relevance"。查询需 URL 编码,空格用 + 替代。结果可保存为 initial-search-results.json,并以 DOI 为主键、PMID 作后备记录到 papers-reviewed.json。

限制与注意:接口有速率限制,无 API key 为每秒 3 次,有 key 为每秒 10 次;单进程建议 500ms 延迟,多个并行子代理需更长延迟共享配额,出现 HTTP 429 可等待 5 秒并加倍延迟。结果过少可放宽条件或加同义词,过多(超过 500)可增加字段标签和日期约束。摘要需用 efetch 获取,旧文献常缺 DOI 可用 PMID 替代。