SuperAPI AI 工具集

Checking ChEMBL for Structured SAR Data

数据与分析

查看项目

更新于 10-15 23:47

技能介绍

用途:在评估药物化学/药物发现论文时,先检查论文是否收录于 ChEMBL,以便直接获取已 curation 的结构化生物活性数据。适合摘要含化合物系列、SAR 或 IC50/MIC/Ki/EC50 等活性数据的论文;非药物化学论文、无活性数据、纯综述或近 6 个月内新论文不建议使用。

主要能力:ChEMBL 含约 99,000 篇人工整理文献。API 基础地址为 https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/ ,无需认证。关键限制是只能用 DOI 查询,不能用 PMID;若只有 PMID,需先从 PubMed 获取 DOI。

使用方式:先按 DOI 查文档:curl -s "https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/document.json?doi=DOI";若 page_meta.total_count 大于 0,取 document_chembl_id,再查活性数量:curl -s "https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity.json?document_chembl_id=CHEMBL3120156&limit=1"。可按 standard_type 过滤(如 MIC)。富数据论文可用 limit=1000 导出并用 jq 统计。

结果应报告给用户并写入 SUMMARY.md 与 papers-reviewed.json,包含 ChEMBL ID、数据点数和链接。即使未收录也应注明,因这同样是有用信息。

限制:约 30%–40% 药物化学论文命中,6–12 个月存在 curation 延迟;数据不替代全文中的方法、实验步骤与讨论。常见错误包括用 PMID 查询、跳过检查、检查非药物化学论文、未报告状态、命中后仍手动解析表格。