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写作与研究

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更新于 10-21 16:19

技能介绍

用途

Reference Manager Interoperability 用于在文献管理工具与写作工具之间迁移、同步参考文献库。它面向需要在 Zotero、Mendeley、EndNote、JabRef、Paperpile 等管理器之间转移数据，或把文献库接入 LaTeX/BibTeX、Word、Google Docs、Pandoc、Quarto 等写作流程的场景。

主要能力

该技能指出，几乎所有文献管理器都至少支持三种交换格式之一：

  • BibTeX / BibLaTeX（.bib）：适合 LaTeX、Overleaf、JabRef。BibLaTeX 通过 biber 增加了 @online、@dataset、@software 以及 UTF-8 支持。
  • RIS（.ris）：适合 EndNote、Mendeley，以及 Scopus/WoS/PubMed 的导出。采用逐行标签，会丢失部分结构（例如团体作者）。
  • CSL-JSON（.json）：适合 Pandoc、Quarto、Zotero、citeproc-js、Word/Docs 插件。是信息最丰富的交换格式，也是引用样式的原生格式。

技能提供格式转换脚本，例如：

python scripts/convert_refs.py library.ris references.bib        # EndNote/Mendeley -> LaTeX
python scripts/convert_refs.py references.bib references.json    # LaTeX -> Pandoc/Quarto
python scripts/convert_refs.py export.json out.ris --from csljson --to ris

并提醒：对特殊字段而言转换是有损的。应始终对比条目数量（grep -c "^@" refs.bib、grep -c "^TY -" lib.ris），抽查带前缀词（van、de、von）的作者和团体作者，然后对生成的 .bib 运行 bibtex-hygiene 检查器。

使用方式（各工具配方）

Zotero（推荐的枢纽工具）：安装 Better BibTeX 插件，右键某个 collection → Export → Keep updated，即可在稿件旁写出自动刷新的 .bib，并保持稳定的引用键。程序化访问可使用 pyzotero 技能（Zotero Web API，需要用户 API key）。Word/Google Docs 通过 Zotero 连接器插件插入实时引用和参考文献表。

Mendeley Reference Manager：导出时选择参考文献 → Export → BibTeX (.bib)、RIS 或 EndNote XML。迁移到 Zotero 时，可导入 .ris/.bib 导出文件，或使用 Zotero 内置的 Mendeley 导入器。不要基于 Mendeley 的 Web API 构建新的自动化，应改为基于导出文件工作。

EndNote：通过 File → Export，输出样式选 "RefMan (RIS) Export"（.ris）或 XML。用 "Reference Manager (RIS)" 过滤器导回 .ris，并检查编码为 UTF-8。

JabRef：原生支持 BibTeX/BibLaTeX。提交前使用 Quality → Cleanup entries 和 Check integrity。

Overleaf：关联 Zotero/Mendeley 账户或上传 .bib。若使用自动导出的 Better BibTeX 文件，可重新上传或通过 Git 同步。

用 CSL 样式渲染引用（Pandoc / Quarto）

pandoc paper.md --citeproc --bibliography references.json --csl nature.csl -o paper.docx

Quarto front matter：

bibliography: references.json
csl: apa.csl          # fetch from https://github.com/citation-style-language/styles

应从 CSL 仓库（超过 10,000 种样式）中为目标期刊选择精确的样式文件。除非确实不存在，否则不要通过修改相似样式来近似某期刊的样式。

迁移检查清单

  1. 以源工具最丰富的格式导出（CSL-JSON 或原生 XML > RIS > BibTeX）。
  2. 记录迁移前后的参考文献数量。
  3. 若目标工具无法导入源格式，使用 scripts/convert_refs.py 转换。
  4. 导入后随机检查 10 条记录的作者、标题大小写、容器、年份、DOI。
  5. 单独重新附加 PDF。附件不会随 RIS/BibTeX/CSL-JSON 一起迁移。
  6. 仅当稿件尚未引用旧引用键时，才重建引用键。

适用场景与限制

适用于文献库跨工具迁移、写作流程中的引用渲染与样式匹配、以及迁移后的质量核查。限制包括：格式转换对特殊字段有损；RIS 会丢失部分结构；附件不随交换格式迁移；Mendeley Web API 不建议用于新自动化。相关技能包括 bibtex-hygiene、citation-verification、citation-management、pyzotero。