OMERO Integration 是一个面向 OMERO.server 显微成像数据的安全检查与自动化技能，主要使用 omero-py、BlitzGateway、OMERO CLI 以及 OMERO.web 的稳定公开 API 来访问和操作数据。
用途 该技能用于在明确、最小的数据范围内检查 OMERO 中的图像、注释、ROI、表格和渲染信息，并在获得明确批准后执行受控的写入或导入导出操作。它强调 OMERO 数据可能包含未发表图像、标识符、注释、原始文件和衍生测量结果，因此默认采取保守、可审计的操作方式。
主要能力
- 通过 BlitzGateway（omero-py）进行对象遍历、像素访问、注释、ROI、渲染和服务调用。
- 通过 OMERO CLI 管理会话、扫描/导入、OME-TIFF 或 XML 导出、脚本和行政插件。
- 使用 OMERO.web api 和 webgateway 这两个官方文档称为稳定公开 API 的接口；文档化的 JSON API 支持版本发现且对象覆盖有限。
- 使用 OMERO.server 脚本（上传的插件，由服务器基础设施执行），区别于 scripts/ 中捆绑的本地客户端辅助工具。
- 提供本地安全辅助脚本：validate_config.py（仅本地校验命名端点/认证变量）、inventory.py（有界只读对象清单，分页 JSON 输出）、export_image_metadata.py（指定图像的注释/ROI JSON 导出，默认脱敏并限制每类数量，不下载文件字节或像素）、plan_transfer.py（仅本地导入扫描或逐图像导出计划，不调用 OMERO，不输出凭据标志）。
使用方式
- 安装可复现客户端：创建 Python 3.12 环境（uv venv --python 3.12 .venv），安装与解释器、操作系统、架构和 wheel 标签匹配的 IcePy 3.6.5 wheel，再安装 omero-py==5.22.1。不要用 Ice 3.7，OMERO 5.6 支持矩阵将 Ice 3.6 标为推荐、3.7 标为不支持。
- 凭据与连接：从调用环境或密钥管理器中的命名 OMERO_* 变量读取凭据，不要把密码放在 omero CLI 命令中。默认 secure=True。示例代码使用 BlitzGateway 连接，设置 limit、offset、order_by，并在 finally 中关闭连接。
- 远程辅助脚本默认 dry-run，需 --execute 才执行；--help 在未安装 OMERO 时也可用。
- 操作前需确认服务器版本及其测试过的 OMERO.py 配对、目标主机、SSL 路由端口、用户/会话和单一组、精确对象 ID/类型和硬限制，以及名称、注释值、文件名、ROI 标签、所有者名称、像素或原始文件是否可离开服务器。
适用场景 适用于需要安全访问 OMERO.server 显微成像数据的科研或数据管理场景，包括只读清单、元数据导出、导入/导出计划、注释与 ROI 处理、表格操作和渲染相关任务。
限制
- 该技能是 2026-07-23 刷新的快照，固定 omero-py==5.22.1，不保证每个 OMERO.server 版本都接受该客户端；其他服务器版本应查阅其发布条目并使用与其测试过的 OMERO.py 版本。
- omero-py==5.22.1 要求 Python 3.10 或更新；支持矩阵支持 3.10 和 3.11，推荐 3.12，3.13/3.14 仍标为“即将支持”。
- 仅导入/管理命令需要 OMERODIR 指向兼容的解压 OMERO.server 目录；普通远程 BlitzGateway 客户端不需要该服务器树。
- 不得在命令参数、源代码、输出 JSON、日志、回溯或聊天中放置密码或会话密钥；会话密钥是持有者凭据。
- 不得将对象请求变成组范围或跨组导出，除非明确批准。
- 写入操作（注释/链接创建、渲染默认保存、图像创建、导入、脚本上传、表格写入、所有权或组变更、删除）需要精确审查的目标。
- 不得仅为“测试”示例而连接真实服务器。
- 上游包为 GPL-2.0-or-later；该技能自身文件为 MIT。
- 资料未提供具体收费、价格或平台支持范围等信息。