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latchbio-integration

智能体与模型

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更新于 10-21 16:18

技能介绍

LatchBio Integration 是一个面向 Latch 平台的生物信息学工作流开发与运维技能，帮助用户在 Latch 上构建、注册、调试和运行工作流。

一、用途 该技能用于创建或维护 Python SDK 工作流与任务图；打包并注册 Python、Nextflow 或 Snakemake 流水线；配置任务的 CPU、内存、存储、GPU、缓存、重试和超时；通过 LPath、LatchFile、LatchDir 或 CLI 操作 Latch Data；读取或更新 Latch Registry 的项目、表格和记录；设计工作流表单、启动计划、样本表、消息和结果链接；使用 latch register --staging 和 latch develop 暂存与调试工作流镜像；通过 Python 或 Latch MCP 启动和监控工作流；以及发现并使用可直接运行的 Latch 工作流。

二、版本基线 该技能面向 Latch SDK 2.76.8（2026 年 7 月 10 日发布）。包元数据支持 Python 3.9–3.12，并声明 Python 3.9+。当指南与 SDK 不一致时，应以已安装的包及其变更日志为准。部分 Latch 指南仍保留较旧的 Python 版本范围或兼容性相关的预发布版本固定，尤其是 Snakemake v2 教程。不要在没有检查版本要求的情况下混用不同轨道的命令或导入。

三、参考文档分流 技能按任务提供参考文档：Python 工作流、任务、映射、条件、缓存见 references/workflow-creation.md；LPath、旧文件类型、Latch URL、数据 CLI 见 references/data-management.md；Registry 读取、事务、样本表见 references/registry.md；CPU、内存、存储、GPU、动态资源见 references/resource-configuration.md；Nextflow 与 Snakemake 打包见 references/nextflow-snakemake.md；元数据、表单、启动计划、消息、自动化见 references/ui-and-automation.md；注册、开发、执行、监控见 references/operations-and-debugging.md；可直接使用的工作流与 latch.verified 见 references/verified-workflows.md；远程 MCP 设置与工具工作流见 references/latch-mcp.md。在依赖某个符号前，应对目标 SDK 版本运行 scripts/inspect_latch_sdk.py，该脚本仅执行本地导入，不进行认证或网络请求。

四、安装与认证 可复现环境的安装命令： uv venv --python 3.12 source .venv/bin/activate uv pip install "latch==2.76.8" 在 Windows 上，请使用 WSL 运行文档所述的 Linux 工作流工具。 通过受支持的 OAuth 流程认证，不要手动读取、打印、复制或解析 ~/.latch/token： latch login latch workspace 当已知工作区数字 ID 时，可非交互式选择： latch workspace --id 12345 latch login 凭据用于 SDK 和 CLI。Latch MCP 使用单独的 OAuth 授权，其凭据不能复用于一般 SDK 访问。

五、快速路径 创建并远程注册维护中的 subprocess 模板： latch init covid-wf --template subprocess latch register --yes --open covid-wf 远程镜像构建是默认方式。仅当本地 Docker 守护进程可用且有意进行本地构建时，才使用 --no-remote。

六、最小 Python 工作流 保持工作流主体为声明式：调用任务并返回其 promise。在任务内部执行计算和副作用。示例： from latch import small_task, workflow

@small_task def reverse_complement(sequence: str) -> str: table = str.maketrans("ACGTacgt", "TGCAtgca") return sequence.translate(table)[::-1]

@workflow def reverse_complement_workflow(sequence: str) -> str: """Return the reverse complement of a DNA sequence.""" return reverse_complement(sequence=sequence) 当生成的界面需要自定义标签、分区、验证规则、样本表或文档链接时，使用 @workflow(metadata)。使用 LatchFile 或 LatchDir 实现任务输入自动暂存和输出上传；使用 LPath 进行命令式远程路径操作。

七、推荐开发生命周期

  1. 检查兼容性：确认已安装的 SDK 和 Python 版本；识别项目是 Python、Nextflow、旧版 Snakemake 标志路径，还是单独固定的 Snakemake v2 教程轨道。
  2. 定义类型化接口：为每个工作流和任务的输入输出添加注解；模块导入时避免网络调用、数据变更和密钥获取，隔离文档所述的例外（如 workflow_reference，它在装饰器求值时解析活动工作区）；对结构化参数使用 dataclass 和 enum。
  3. 配置元数据与资源：使元数据参数键与工作流签名匹配；先使用命名任务装饰器，仅当实测需求证明必要时才使用 custom_task。
  4. 在执行镜像中验证：新的 Nextflow 和 Snakemake 项目在暂存前必须生成版本兼容的 Python 入口点。在 SDK 2.76.8 中，暂存分支不会从 --nf-script 或 --snakefile 生成入口点。 latch register --staging . latch develop . 更改 Dockerfile 或依赖后需重新运行暂存注册。开发容器内的编辑不会同步回去。
  5. 谨慎注册： latch register --yes --open . 可用控制项： latch register --workspace-id 12345 . latch register --mark-as-release . latch register --workflow-module wf.custom_entrypoint . 重复注册会以状态码 2 退出，这与构建失败不同。
  6. 仅在审查成本和参数后启动：交互式操作优先使用 Console 或 Latch MCP；Python 自动化优先使用 latch_cli.services.launch.launch_v2；不要将已弃用的 latch launch CLI 作为新的集成模式。
  7. 监控与验证：检查终端状态、任务日志、结果链接和科学输出。成功的编排是必要的，但不足以构成科学验证。

八、操作安全 在启动付费计算（尤其是 GPU 或大批量运行）前请求确认；在执行 LPath.rmr、latch rmr、Registry 删除或覆盖共享目标前请求确认；绝不记录密钥、SDK 令牌、签名 URL 或秘密值；仅在任务内部调用 get_secret()，返回值仅用于其预期服务，绝不作为工作流输出返回；不要将不受信任的字符串传入 shell 命令，优先使用带 subprocess.run(..., check=True) 的参数列表；为发布固定 SDK 和工作流依赖，仅在审查变更日志并重新运行暂存测试后升级；将生成文件视为生成物，应自定义文档所述的扩展文件，而不是编辑 CLI 会覆盖的输出。

九、检查已安装的 SDK 从该技能目录运行： uv run --no-project --python 3.12 --with "latch==2.76.8"
python scripts/inspect_latch_sdk.py 使用 JSON 输出进行自动化比较： uv run --no-project --python 3.12 --with "latch==2.76.8"
python scripts/inspect_latch_sdk.py --json

十、权威来源 文档索引：https://wiki.latch.bio/llms.txt 工作流与 SDK 指南：https://wiki.latch.bio/workflows/overview SDK API 参考：https://wiki.latch.bio/reference/sdk PyPI 包：https://pypi.org/project/latch/ SDK 2.76.8 发布源码：https://github.com/latchbio/latch/tree/0faa9dcd8186444ac008f50adf95d43f0fa30e06 SDK 变更日志：https://github.com/latchbio/latch/blob/0faa9dcd8186444ac008f50adf95d43f0fa30e06/CHANGELOG.md Latch Console：https://console.latch.bio

十一、相关技能 dnanexus-integration：使用 dx CLI、dxpy、apps/applets、原生工作流、dxCompiler 和 Nextflow 在 DNAnexus 上构建和运行可复现的基因组学工作负载。 nextflow：端到端构建、运行和调试 Nextflow 数据流水线与 nf-core 工作流。 benchling-integration：用于注册表实体、库存、ELN 条目、工作流、Benchling Apps 和数据仓库的 Benchling Python SDK 与 REST API 集成。

十二、限制 该技能的具体收费、价格、平台支持范围、实际运行效果等信息暂未提供。