Ginkgo Cloud Lab 概述
Ginkgo Cloud Lab(https://cloud.ginkgo.bio)提供对 Ginkgo Bioworks 自主实验室基础设施的远程访问。实验方案在可重构自动化推车(RAC)上执行——这些模块化单元配备机械臂、磁悬浮样品传输系统,以及覆盖 70 多种仪器的工业级软件。
平台还包含 EstiMate,这是一个 AI 智能体,可接受人类语言描述的实验方案,并针对目录之外的自定义工作流返回可行性评估与定价。
方案目录按以下类别组织:表达与纯化(体外/无细胞/大肠杆菌/毕赤酵母)、表征与检测、方法与靶点导入,以及特色方案。选择下方方案后,阅读其参考文件可了解输入、输出、自动化工作流和订购详情。
可用方案
表达与纯化 - 体外
方案 | 读数 | 价格 | 周转时间 | 状态 IVT mRNA/circRNA 合成 | qPCR(mRNA 或 circRNA,384 孔) | $99/样品 | 最多 12 个工作日 | 已认证
表达与纯化 - 无细胞(大肠杆菌 CFPS)
方案 | 读数 | 价格 | 周转时间 | 状态 验证序列表达 | 合格/不合格滴度 + 纯度(最多 1800 bp) | $39/样品 | 最多 10 天 | 已认证 优化表达条件 | 跨 24 个条件的 DoE | $199/样品 | 最多 11 天 | 已认证 表达 + 定量(HiBiT) | 发光,无纯化 | $39/样品 | 最多 11 天 | 已认证 表达 + 纯化(A280) | Strep 标签,A280 产量 | $149/样品 | 最多 11 天 | 已认证 表达 + 纯化 minibinder | Strep 标签,A280,LabChip | $149/样品 | 最多 11 天 | 已认证 表达 + 纯化(A280 + LabChip) | Strep 标签,A280 + 纯度/大小 | $159/样品 | 最多 12 天 | 已认证
表达与纯化 - 大肠杆菌
方案 | 读数 | 价格 | 周转时间 | 状态 表达 + 定量(HiBiT) | 发光(最多 384 个构建体) | $79/样品 | 最多 3 周 | 已认证 表达 + 纯化(A280) | His 标签,A280 产量 | $199/样品 | 最多 3 周 | 已认证 表达 + 纯化 minibinder | His 标签,A280 产量 | $199/样品 | 最多 3 周 | 已认证 表达 + 纯化(A280 + LabChip) | His 标签,A280 + 纯度/大小 | $209/样品 | 最多 3 周 | 已认证
表达与纯化 - 毕赤酵母
方案 | 读数 | 价格 | 周转时间 | 状态 表达 + 定量(LabChip) | 分泌蛋白,大小/纯度(最多 96) | $89/样品 | 最多 4 周 | 已认证(新)
表征与检测
方案 | 读数 | 价格 | 周转时间 | 状态 表达 + 热位移 | SYPRO Orange Tm(Tonset,TM1-3) | $159/样品 | 最多 12 天 | 已认证 检测酶产物(Echo-MS) | 通过 Echo-MS 检测底物/产物 | $44/样品 | 最多 13 天 | Beta
方法与靶点导入
方案 | 读数 | 价格 | 周转时间 | 状态 导入 Echo-MS 方法 | 校准曲线,LOD/LOQ | $799/分子 | 最多 3 周 | 已认证 导入 SPR 靶点 | 经验证的 SPR 捕获方法 | $1,399/靶点 | 最多 4 周 | Beta
特色方案
方案 | 读数 | 价格 | 周转时间 | 状态 生成荧光像素艺术 | UV 照片,7 色大肠杆菌调色板 | $25/板 | 最多 7 天 | Beta
即将推出:蛋白表达与结合亲和力表征(表达 + 纯化,然后针对靶点筛选结合亲和力)。
如何选择方案
快速表达性筛选?无细胞 HiBiT($39)或验证序列表达($39)。
需要纯化蛋白 + 产量?A280 层级(无细胞或大肠杆菌);添加 LabChip 以获得纯度/大小信息。
困难/膜蛋白/二硫键/辅因子靶点?无细胞优化(24 条件 DoE)。
分泌型或真核靶点?毕赤酵母表达。
筛选从头结合体/minibinder?无细胞或大肠杆菌 minibinder 层级,然后进行 SPR 导入以获取动力学数据。
酶活性/生物催化?Echo-MS 酶检测(需先导入分析物方法)。
稳定性/可开发性排序?热位移检测。
RNA(mRNA/circRNA)?IVT 合成 + qPCR。
通用订购流程
在 https://cloud.ginkgo.bio/protocols 选择方案
配置参数(蛋白/样品/分子/靶点数量、重复数、板数)
下载方案的输入模板并上传输入(序列方案使用 FASTA/CSV/XLSX;像素艺术使用 Design Tool;导入使用供应商目录编号)
在 Additional Details 字段中添加任何特殊要求
提供电子邮件,同意方案条款,加入购物车/提交以接收可行性报告和价格报价
对于上述未列出的方案,使用 EstiMate 聊天(https://cloud.ginkgo.bio/estimate)用通俗语言描述自定义方案,并获得兼容性评估与定价。
身份验证
通过 https://cloud.ginkgo.bio 访问 Ginkgo Cloud Lab。可能需要创建账户或机构访问权限。如有访问问题,请联系 cloud@ginkgo.bio。
关键基础设施
RAC(可重构自动化推车):配备高精度机械臂和磁悬浮传输的模块化机器人单元
Catalyst 软件:方案编排、调度、参数化和实时监控
70 多种集成仪器:Agilent Bravo 液体处理器、Beckman/Labcyte Echo 声波分配器、BMG PHERAstar / Tecan Spark 读板器、Revvity LabChip、Bio-Rad CFX Opus、Nicoya Alto SPR、SciEx Echo-MS、Inheco/Cytomat 培养箱等
Nebula:Ginkgo 位于马萨诸塞州波士顿的自主实验室设施
智能体操作流程
检查环境。确认仪器或平台型号、API 版本、凭据以及是否有模拟器可用。
明确输入。从数据或用户处确认格式、标识符和参数。对于任何会改变结果的数值,应询问而非猜测。
先运行小规模版本。在使用真实样品之前,模拟方案或用清水/模拟耗材运行。
使用上述说明和参考执行完整任务。
验证结果。检查体积、工作台布局和耗材定义;在执行前由人工批准方案。
报告。说明运行了什么(版本、命令、参数)、检查了什么,以及仍不确定的内容。
异常处理
如果发生这种情况 | 请这样做 方案在模拟中失败 | 在模拟中修复;切勿在硬件上运行未经验证的方案。 这些说明中的函数、标志或端点与已安装版本不符 | 查阅已安装版本自带的文档(help()、--help、官方文档),进行调整,并告知用户。切勿虚构 API。 必需的输入、标识符或参数不明确 | 询问用户,或在运行前明确说明假设。
完整性规则
切勿捏造结果、参数、标识符、引用或统计数据。如果某些内容无法运行或验证,请如实说明。
未经用户明确确认,切勿触发物理操作、订单或收费。
此处特定版本的细节可能已过时:请对照已安装版本的官方文档进行确认。
在涉及花钱、消耗共享 GPU 或云配额、接触个人或患者数据,或不可撤销的操作前,请先询问。
相关技能
adaptyv:如何使用 Adaptyv Bio Foundry API 和 Python SDK 进行蛋白实验设计、提交和结果检索。