Genomic Intelligence（GI）通过托管在云端 GPU 上的 Transformer DNA 语言模型提供序列分析预测服务。用户提供基因符号、基因组区域或 DNA/FASTA 序列，即可获得结构化预测结果，包括启动子区域、剪接位点、增强子活性、染色质状态、表达量（log TPM）以及从头基因注释。所有计算均在服务端完成，本地无需模型权重、GPU 或重型 Python 依赖，客户端只是一个面向托管、带版本控制的推理 API 的轻量调用层。
主要能力（六类任务）
- promoter：在基因组区域中识别启动子区域，采用滑动窗口方式，推荐同步模式，接受长度 300–500,000 bp，context_window_bp 为 2,000 bp。
- splice：预测剪接供体/受体位点，使用长上下文 BigBird，推荐同步模式，接受长度 100–500,000 bp，context_window_bp 为 15,000 bp；具有链特异性，需按转录本方向提交序列。
- enhancer：对增强子活性打分，区分发育型与管家型，基于 DeepSTARR（果蝇），推荐同步模式，接受长度 50–500,000 bp，context_window_bp 为 249 bp。
- chromatin：跨数百条轨道注释染色质状态，基于 DeepSEA，推荐同步模式，接受长度 200–500,000 bp，context_window_bp 为 1,000 bp。
- expression：根据序列与细胞类型上下文预测表达量 log(TPM+1)，接受长度 9,198–500,000 bp，训练窗口 trained_window_bp 为 9,198 bp；除非序列恰好为 9,198 bp，否则必须提供 tss_index，并且必须提供细胞类型描述。
- annotation：无需参考序列即可从头注释基因/转录本，推荐异步模式，接受长度 1,000–500,000 bp；同步请求超过 200,000 bp 会返回 413 sync_too_large。
此外还有组合工作流：先找出区域内的基因，再对每个基因预测表达量。
使用方式
调用 GI 有两种途径：
托管 MCP 服务器（推荐在支持 MCP 的宿主上使用）：地址为 https://mcp.genomicintelligence.ai/mcp（Streamable HTTP）。无需密钥即可对公开演示层进行限速、限并发的调用，可选的 gi_ Bearer 密钥可提升限额。它提供返回序列句柄（sequence_ref）的获取工具，以及接收该句柄的 predict_* 工具，从而让大序列不进入上下文。
REST API（通用方式）：对 https://api.genomicintelligence.ai/v1 发起普通 HTTP 请求，需要 GI_API_KEY（gi_ Bearer）。密钥通过 Authorization: Bearer <key> 发送，可向 contact@genomicintelligence.ai 申请。切勿硬编码密钥，应从 GI_API_KEY 环境变量读取。密钥按合作层级限定并发与每分钟上限，返回 429 表示达到上限，应退避重试或申请提升层级。
每个任务都是独立的已发布操作，拥有各自的请求 schema、最小长度和封闭的 options 对象，路径分别为 /v1/tasks/promoter/predict、/v1/tasks/splice/predict、/v1/tasks/enhancer/predict、/v1/tasks/chromatin/predict、/v1/tasks/annotation/predict、/v1/tasks/expression/predict。请求体为 {sequence, sequence_name?, model?, options?}，返回 {data, meta} 信封。
序列获取：通常不会直接以原始 9,198 bp 字符串开始，而是先获取序列。MCP 提供 fetch_ensembl_sequence(gene=...)、fetch_region(region=...)、fetch_gene_for_expression(gene=...)、store_inline_sequence、load_demo_sequence(name=...) 等工具；REST 用户可直接查询 Ensembl REST。
异步调用：Prefer: respond-async 是所有六个预测操作及组合工作流上声明的请求头。返回 202 时携带与同步 200 相同的 {data, meta} 信封，data 为 {job_id, status: "accepted", links}，job id 也出现在 Content-Location 和 X-Job-Id 响应头中。异步仅支持 JSON，与文本格式组合会被拒绝。annotation 是最需要异步的任务。
适用场景
当用户拥有 DNA 序列并希望获得模型预测时使用 GI：在基因组区域中寻找启动子、预测剪接供体/受体位点、对增强子活性打分、注释染色质状态、根据序列与细胞类型上下文预测表达量、无需参考序列进行从头基因注释，以及查找区域内的基因并预测每个基因的表达量。
限制
GI 不适用于本地比对、变异检测或文件 I/O，这些应使用本地工具（如 BioPython、bcftools）。GI 仅用于从序列进行模型推理。该服务面向研究与开发用途，不用于临床或诊断决策。
长度限制：低于任务下限或超过 500,000 bp 均返回 422 validation_failed（位于 loc ["body","sequence"]），超长并非 413。所有长度在去除空白字符后计算，因此换行折行的 FASTA 正文可原样粘贴（但 > 标题行仍会触发字母表检查失败）。每个操作还有各自的 x-sync-limit-bp：截至 info.version 2026.09.10.1，annotation 为 200,000 bp，组合工作流为 50,000 bp；同步请求超过该长度返回 413 sync_too_large。
options 按任务类型封闭（additionalProperties: false），未知键会硬性返回 422 validation_failed，type 为 "extra_forbidden"，不会被忽略。各任务的 options 键：promoter 为 threshold（0–1，默认 0.5）；splice 为 threshold（0–1，默认 0.5）与 site_types（["donor","acceptor"] 的子集，默认两者）；enhancer 无；chromatin 为 threshold（0–1，默认 0.5）；annotation 为 batch_size（1–128，默认 8）、shift_coordinates、reverse_complement（默认 true）；expression 为 description（必填，且是唯一键）。
expression 是六者中最严格的：其 schema 要求同时提供 options 与 sequence。它始终只对一个以 TSS 为中心的 9,198 bp 窗口打分，即 sequence[tss_index-4599 : tss_index+4599]。端点本身接受 9,198–500,000 bp，低于 9,198 bp 直接拒绝。除非序列恰好为 9,198 bp，否则 tss_index 必填；它是去空白后序列中基于 0 的 TSS 偏移，范围 4599 ≤ tss_index ≤ len(sequence) − 4599；恰好 9,198 bp 时默认 4,599。服务器不会替用户发现 TSS，也不会反向互补，应提交基因正义链序列。options.description 为细胞类型/实验字符串（如 "K562 cells"），必填且是 options 内唯一接受的键。未知的顶层正文字段同样会被拒绝。
模型选择：省略 model 即使用任务默认模型，这是推荐做法。默认模型 ID 有意未在此记录，因为默认值会变化且退役 ID 会硬性失败，切勿硬编码。如需固定模型或选择非人类模型（若干任务存在果蝇、酵母和拟南芥模型），应在调用时通过 GET /v1/tasks/{task}/models（REST）或 list_models（MCP）发现 ID，切勿自行编造。
错误码：400 bad_request（请求格式错误）；401/403 unauthorized/forbidden（REST 缺少或无效密钥）；404 not_found（未知任务或未知 job，未识别任务返回 404 而非 422）；413 payload_too_large（原始请求体超过 16 MiB）；413 sync_too_large（同步请求超过操作的 x-sync-limit-bp，需改用 Prefer: respond-async 重试）；415 unsupported_format（不支持的格式查询值，不会静默回退到 JSON）；422 validation_failed（最常见失败：序列低于任务下限或超过 500,000 bp、expression 低于 9,198 bp、tss_index 缺失或越界、缺少 options.description，或任何未知的正文/options 键）。
官方文档：docs.genomicintelligence.ai；REST 契约：api.genomicintelligence.ai/v1/openapi.json；托管 MCP 服务器：https://mcp.genomicintelligence.ai/mcp。