DepMap（癌症依赖图谱）技能用于查询 Broad Institute 维护的 DepMap 项目数据。该项目通过全基因组 CRISPR 敲除筛选、RNAi 以及化合物敏感性实验，系统刻画数百个癌细胞系的遗传依赖性。
用途
- 靶点验证：判断某基因在特定突变（如 KRAS 突变）癌细胞系中是否必需。
- 生物标志物发现：寻找可预测基因敲除敏感性的基因组特征。
- 合成致死：识别在另一基因突变或缺失时才选择性必需的基因。
- 药物敏感性：分析细胞系特征与化合物反应的关系。
- 泛癌必需性判断：区分广泛必需基因与癌症选择性依赖基因。
- 共依赖性分析：找出依赖谱相关的基因对（可能属于同一复合物或通路）。
主要能力
- 提供 Chronos（CRISPR）与 DEMETER2（RNAi）依赖评分，并说明阈值含义：Chronos ≤ -0.5 视为可能依赖，≤ -1 视为强依赖（常见必需基因范围）。
- 提供基因效应、细胞系注释（DepMap_ID、cell_line_name、primary_disease、lineage、lineage_subtype）。
- 提供 DepMap API 调用示例（如 /gene、/data/gene_dependency 端点）以及数据下载与本地 pandas 分析代码。
- 涵盖数据文件：CRISPRGeneEffect.csv、CRISPRGeneEffectUnscaled.csv、RNAi_merged.csv、sample_info.csv、表达矩阵、突变二值矩阵、拷贝数、PRISM 药敏数据等。
使用方式 可通过 DepMap Portal API 在线查询小规模数据，也可从 https://depmap.org/portal/download/all/ 下载数据文件后在本地分析；文档提供了加载、筛选选择性依赖、生物标志物统计检验和共依赖性计算的 Python 示例。操作流程建议先确认网络与 API 文档、用小样本验证格式、再批量执行，并记录数据版本与访问日期。遇到 429 或 5xx 时按限速退避重试。
适用场景 适用于肿瘤学研究、药物靶点发现、功能基因组学与生物信息学分析。
限制
- 数据版本与 API 端点可能变化，需以官方文档为准。
- 基因未表达时可能被误判为非必需，扩增基因可能因拷贝数效应呈现假性必需。
- 全基因组关联需做 FDR 多重检验校正。
- 具体收费、API 密钥要求与速率限制资料未明确说明，暂未提供。