用途
Tamarind 用于在 Tamarind Bio 平台的管理计算资源上运行分子设计与结构生物学工具，包括结构预测、蛋白质与抗体设计、分子对接、结合亲和力预测、MSA 生成和分子动力学。当用户请求 Tamarind、其 REST API/MCP 服务器，或要求云端执行这些科学工具时使用。若仅需本地序列处理或分子描述符，应使用本地库。
主要能力
- 公共目录无需密钥即可查询，支持按 ?type= 或 ?tag= 过滤，记录公开工具及条件必填设置。
- 账户级工具发现：GET /tools。
- 获取工具 schema：GET /tools/{name}/schema，返回设置对象的 JSON Schema。
- 作业校验：POST /validate-job，支持单条和数组模式（每批最多 1,000 行），使用返回的 normalized 设置提交。
- 单次提交：POST /submit-job，成功响应为纯文本而非 JSON 回执。
- 轮询：GET /jobs?jobName=... 返回单行结果，终态为 Complete、Stopped、Failed。
- 结果下载：POST /result，返回 JSON 字符串 URL 或 202 preparing，需重试；下载签名 URL 时不要带 API-key 头。
- 文件上传：PUT /upload/{filename}，通过 GET /files 确认名称，支持文件夹（?folder=inputs）。
- 批量提交：POST /submit-batch，最多 30,000 个展开作业，约 4.5 MB 请求体限制，需同时考虑两个约束。
- 管道：新保存工作流使用 /pipelines 的模板/运行 API，包括 POST /pipelines/validate、POST /pipelines/submit、GET /pipelines/runs/{run_id}，状态为小写且与作业状态分开。旧版 /submit-pipeline 和 /run-pipeline 仍有文档。
- MCP 服务器：连接 https://mcp.tamarind.bio/mcp，支持 OAuth 2.1 或 x-api-key 头，官方指南确认 submitJob、submitBatch、getJobs、getResult、uploadFile、getFiles；使用前应读取已连接服务器的 tools/list schema。
使用方式
- 基础地址：共享基础为 https://app.tamarind.bio/api；专用组织部署有自己的主机和账户数据。
- 密钥：从部署的 API 设置获取，从环境变量 TAMARIND_API_KEY 读取，作为 x-api-key 发送，避免写入文件或日志。
- REST 示例需在执行环境安装 requests；官方 CLI 为 tamarind-cli，Custom Tools Python 客户端导入方式为 from tamarind import Tamarind，注意同名无关包。
- 工作流：发现工具 → 读取 schema → 校验 → 单次提交 → 轮询 → 下载并检查结果。
适用场景
- 蛋白质/复合物结构预测：alphafold（AF2 单体/多聚体）、boltz、chai、protenix（共折叠含配体/核酸）、esmfold（快速单序列蛋白质折叠），esmfold2 当前目录包含蛋白质、DNA、RNA 和配体复合物。
- 结合物/基序设计：bindcraft、boltzgen、rfdiffusion，按目标类型、支架约束和所需结构输入选择。
- 逆折叠：proteinmpnn/ligandmpnn 消费结构并设计序列，需重新折叠设计并比较预期骨架/界面。
- 小分子对接：autodock-vina（固定受体和搜索框）、diffdock（扩散对接）、boltz/chai（共折叠）。
- 抗体/可开发性/MSA/MD：按具体任务过滤描述和 schema。
限制
- 指南审查日期为 2026-09-30，示例为说明性，未经认证作业运行验证，未确立任何模型的科学准确性。
- 置信度分数表示模型置信度，不代表实验结合、特异性或亲和力；对接分数不能与实测结合自由能互换。
- 免费使用为每月配额，非无条件承诺；计费和权限可能变化。
- 校验检查字段，不检查所有提交策略、队列限制或部署就绪状态。
- 提交超时/5xx 不证明未入队，重试前应查找持久化名称；413 在创建作业前拒绝超大请求。
- DELETE /delete-job 为软删除，隐藏作业但保留存储的结果文件。
- 认证失败因路由而异：经典端点可能返回 400，作业可能返回 401 或网关 403，用量可能返回 401；403 不一定是预算错误。
- 匿名 tools/list 请求返回 401，额外助手、过滤词汇、submitBatch(fromJob=...) 和 MCP 上传变体未由公共指南保证。
- 自定义工具可能缺失于列表，需使用已知部署名称及其 schema。
- 不要编写内部字段如 submit_method、msa 或 monomer_msa。
- ProteinMPNN 设计必须输入折叠工具的序列字段；结构模板字段不意味着“折叠此设计序列”。
暂未提供
- 具体价格、计费金额、免费配额上限、计算预算数值。
- 完整可用的工具目录及所有可选参数和账户权限。
- MCP 额外助手的当前契约（匿名请求返回 401，未验证）。
- 认证执行下的科学作业验证结果。