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relsa-severity-assessment

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更新于 10-15 16:41

技能介绍

用途:将体重、体温、临床评分、生物标志物或遥测数据合并为每只动物的单一相对严重度评分(RELSA),并做探索性评分预测与严重度区间划分。

主要能力:relsa_score.py 计算参考相对多变量评分,输出各变量权重与总分;forecast_relsa.py 用ARIMA对指定时间点评分做探索性预测(含滚动模式);kde_thresholds.py 基于评分密度极小值划分区间。

使用方式:数据为CSV,每只动物每时间点一行,需id与时间列,treatment、condition可选。安装:uv venv --python 3.13 .venv-relsa;uv pip install --python .venv-relsa/bin/python numpy==2.5.3 pandas==3.0.6 scipy==1.18.1 statsmodels==0.15.0 matplotlib==3.11.2。示例:python scripts/relsa_score.py assets/example_cohort.csv --variables weight,temp,score,il6 --normalize weight,temp,il6 --turned il6 --score-scale score=8 --baseline-time -1 --reference-group condition=endpoint --save-reference reference.json --out relsa_scores.csv。

关键决策:变量方向性(上升变量须用--turned声明)、参考集选择、零基线评分用--score-scale映射、全程测量的变量。

限制:评分0不代表福利正常,1不是通用终点;预测仅估计评分,不预测终点时间或死亡概率;KDE区间非EU严重度分类;需冻结参考集与阈值;观察到的痛苦与批准的安乐死标准优先。软件版本、价格等暂未提供。