用途：面向 RELION 单颗粒项目，覆盖已提取粒子→同质粒子子集→金标准精修→半图验证与后处理。不替代运动校正、颗粒挑选、2D/3D 分类或对密度图的生物学解释；断层扫描、螺旋重构、Blush、异质状态建模应使用相应上游流程。
主要能力：校验 STAR 文件（光学组归属、采集/CTF 数值、索引、box 尺寸、重复粒子引用、半集分配）；以 MPI 运行 relion_refine_mpi 的 --auto_refine、--split_random_halves、--ctf 精修；对两张独立未滤波半图做未加掩膜 FSC 诊断；调用 relion_postprocess 做软掩膜后处理。
用法：在技能目录下执行 python scripts/spa_workflow.py validate-star project/particles.star --project project；精修用 refine 子命令并指定 --star、--reference、--project、--diameter、--symmetry、--initial-lowpass、--mpi-ranks、--threads、--output；FSC 用 fsc 子命令传入两张 run_half*_class001_unfil.mrc；后处理用 postprocess 传入 --half1、--half2、--mask、--output。
限制：金标准分割需 MPI，建议奇数 rank ≥3；仅支持单一有效 box/像素尺寸；粒子须为常规提取、归一化且未做相位翻转或 Wiener 滤波；FSC 诊断仅限偶数立方图 ≤256³，更大图用 relion_image_handler --fsc；后处理 B 因子保持为 0，不自动估计；不扫描每个像素损坏，不自动重试失败任务，不判定绝对手性。像素尺寸、电压、球差、散焦、振幅对比度与对称性需按样品确认，缺失信息暂未提供。