用途：面向已拆分（demultiplexed）、双端、引物已知的 16S 扩增子测序，将配对 FASTQ 处理为 QIIME 2 的 ASV 与分类结果，并保留 .qza/.qzv 溯源。不适用于把 read 计数当作绝对细胞数，也不把分类结果当作菌株鉴定。
主要能力：导入 reads、去除 5′ 引物、DADA2 去噪、用显式提供的分类器对 ASV 分类，并记录 qiime-info.txt、commands.json、workflow.log、输入 QC、分类器校验和与输出产物校验和。运行前会校验配对 FASTQ manifest、引物方向、序列与质量一致性、样本对齐，并抽样前 1000 对 read 检查 IUPAC 引物精确匹配。
使用方式：manifest 为制表符分隔的 PairedEndFastqManifestPhred33V2，表头为 sample-id、forward-absolute-filepath、reverse-absolute-filepath，路径需为运行时可见的绝对路径，每样本一行，不加注释行或额外列，不要反向互补 R2。元数据首列为 sample-id，ID 需与 manifest 一致。先做无 QIIME 校验：python scripts/amplicon_workflow.py validate --manifest manifest.tsv --metadata sample-metadata.tsv --primer-f GTGYCAGCMGCCGCGGTAA --primer-r GGACTACNVGGGTWTCTAAT --trunc-f 220 --trunc-r 200 --amplicon-max 300；再在 QIIME 2 2026.7 环境运行：python scripts/amplicon_workflow.py run --manifest manifest.tsv --metadata sample-metadata.tsv --primer-f GTGYCAGCMGCCGCGGTAA --primer-r GGACTACNVGGGTWTCTAAT --trunc-f 220 --trunc-r 200 --amplicon-max 300 --classifier compatible-classifier.qza --threads 4 --output run01。示例引物与长度仅为演示，需按实际质检选择。
限制：trunc-f/r 为去引物后位置，需满足 trunc_f + trunc_r - maximum_insert_length >= 12；该检查只预测几何重叠，不代表能成功合并。分类器需与安装环境的 scikit-learn 版本精确匹配（2026.7 发行版固定 1.7.1），并记录来源 URL、数据库版本与校验和；不要自动抓取任意“最新”分类器或复用不兼容的序列化 sklearn 模型，仅从可信来源加载。runner 拒绝空 FASTQ，空对照 ID 需单独保留并报告。保留率低于 50% 只是复核启发式，非通用拒绝规则；下游稀释、多样性、差异丰度分析需另行设计，本技能不自动选择稀释深度。运行会立即执行、只写入全新输出目录，遇 QIIME 命令失败即停止。滚动文档可能描述开发版，适配前应检查实际安装环境的 qiime info 与 action --help。