用途：PyOpenMS 提供 OpenMS 库的 Python 绑定，用于计算质谱分析，可分析蛋白质组学和代谢组学数据，完成质谱文件读写、原始谱图处理、特征检测与定量、肽段与蛋白质鉴定，以及端到端 LC-MS/MS 流程。
主要能力：该技能附带 scripts/ 下可直接运行的参数化 CLI 脚本，覆盖常见高层工作流，优先运行脚本而非新写代码。脚本涵盖：检查与转换（inspect_ms_data.py、convert_format.py、process_spectra.py）；特征检测与定量（detect_features_metabo.py、detect_features_centroided.py、align_link_quantify.py、consensus_to_matrix.py）；注释（detect_adducts.py、accurate_mass_search.py、export_gnps_sirius.py）；鉴定（process_identifications.py）；化学计算（mass_calculator.py、digest_protein.py、theoretical_spectrum.py）；靶向与可视化（extract_chromatograms.py、plot_ms_data.py）。核心数据结构包括 MSExperiment、MSSpectrum、MSChromatogram、Feature/FeatureMap、ConsensusMap、PeptideIdentification/ProteinIdentification、AASequence/EmpiricalFormula。
使用方式：安装命令为 uv venv --python 3.13 与 uv pip install "pyopenms==3.6.0" pandas numpy matplotlib。脚本通过 python scripts/<name>.py --help 查看完整选项，输入格式因脚本而异。示例：python scripts/inspect_ms_data.py sample.mzML --spectra-csv spectra.csv；python scripts/detect_features_metabo.py sample.mzML --out-csv features.csv；python scripts/align_link_quantify.py s1.mzML s2.mzML s3.mzML --out-prefix study；python scripts/consensus_to_matrix.py study.consensusXML --out quant.csv --normalize median。
适用场景：蛋白质组学与代谢组学的 LC-MS/MS 数据处理、无标记定量、特征检测与跨样本对齐、肽段/蛋白质鉴定后处理、质谱数据格式转换与可视化，以及与 Pandas、NumPy、scikit-learn、Matplotlib/Seaborn 及 GNPS、SIRIUS、mzTab 等下游工具的集成。
限制：原生回归测试使用小型合成文件，未验证仪器特定的检测/搜索性能。--fdr 仅基于一次可比搜索运行估计 top-hit PSM q 值，不重新校准已有 q 值，其阈值不建立蛋白质水平 FDR。准确质量搜索使用本地 TSV 数据库而非实时 HMDB 端点，公式/加合物候选为推定注释。GNPS 导出需要带 map_index 和 spectrum_index 的 MS2 到特征注释，普通 MS1 consensus 不足；导出不运行 GNPS/SIRIUS、不认证、不提交数据、不验证身份。等压定量不在这些 CLI 范围内。OpenMS 3.6.0 改用 nanobind，旧文档站点最新页仍标为 3.5.0dev，签名不一致时应使用已安装的 help() 和发布源码。