用途：为基因组 PCR、RT-qPCR 设计并审计引物，产出 5'→3' 方向的候选寡核苷酸，并记录模板、化学条件、预期产物与搜索范围。适用于新引物对设计、已有引物对检查、外显子连接/转录本异构体/等位基因区分、克隆接头引物、多重 panel 等场景；简并、亚硫酸氢盐、探针或修饰碱基需走专门流程。
主要能力：调用 Primer3 生成候选并校验序列与产物长度；用 check_thermodynamics.py 计算核心 Tm、发夹/同源二聚体/异源二聚体、3' 端稳定性等；用 screen_specificity.py 以 exhaustive 或 blast 引擎在本地参考中搜索双向结合位点与 F/R、R/F、F/F、R/R 产物，支持 --multiplex 评估多重反应。
用法：先建独立分析目录并安装依赖：uv venv --python 3.13 .venv-primer；uv pip install --python .venv-primer/bin/python -r "$SKILL_DIR/assets/requirements.txt"。设计示例：.venv-primer/bin/python "$SKILL_DIR/scripts/design_primers.py" --template "$SKILL_DIR/assets/demo-template.fasta" --preset qpcr --config "$SKILL_DIR/assets/qpcr-config.json" --output design.json --pairs-out pairs.tsv --expected-out expected.tsv。热力学与特异性命令见资料，需显式给出盐、dNTP、DNA 浓度及错配参数。可选 BLAST 引擎需安装 NCBI BLAST+ 并验证 blastn -version、makeblastdb -version。
限制：脚本仅用本地文件，不上传序列；BLAST 搜索为启发式，命中上限或参考不确定会使结论不完整；热力学预测用于排序与实验规划，不能单独证明引物质量；表达归一化、实验诊断验证和 guide-RNA 设计属其他任务。资料未提供收费、平台或效果信息。