用途
pkpd-modeling 用于药代动力学（PK）与药效学（PD）的建模和仿真，适用场景包括：浓度-时间分析、结构性与群体 PK 工作流、暴露-反应分析、给药方案仿真、生物等效性（BE）规划、药物相互作用（DDI）筛查，以及研究用治疗药物监测（TDM）计算。
技能明确其边界：它计算探索性量并记录假设，不确立临床安全性、不推荐患者剂量、不认证监管申报。示例中的剂量或目标不得复制到临床诊疗中。
主要能力
技能以脚本形式提供以下功能：
- 非房室分析（NCA）：
nca.py，输入 id、time、conc（id 可选），以及可选 dose、tau、tinf、blq。支持 --auc-method linear|linup-logdown|log，--blq-rule zero|half-lloq|missing，--partial-auc 等。 - 个体房室拟合：
fit_compartmental.py，支持 --route iv-bolus 等与 --compare 1cmt,2cmt,3cmt。注意这不是 NLME 估计。 - 群体 PK 数据集检查：
check_popk_dataset.py，支持 --covariates、--time-varying 等，属于部分模式/合理性检查，不是 NM-TRAN 模拟器。 - 给药方案仿真：
simulate_regimen.py，支持 --cl、--v、--dose、--interval、--n-doses、--steady-state、--simulate、--omega-cl、--omega-v、--target-trough 等。 - 暴露-反应与 QT：
exposure_response.py，支持 --emax、--sigmoid、--cqtc、--cmax 等。 - 生物等效性：
bioequivalence.py，支持 --design 2x2、--metric AUC、--power、--cv、--gmr、--target-power 等。 - 异速生长与首次人体方向：
allometry_and_fih.py，支持 --scale、--fih、--noael、--safety-factor、--mabel 等。 - 药物相互作用筛查：
ddi_static.py，支持 --basic、--msm、--ki、--imax、--fu、--dose、--fm、--fg、--transporter 等。 - 研究用 TDM：
tdm_bayes.py，支持 --model、--weight、--crcl、--dose、--interval、--doses-given、--level、--target-auc24 等。
使用方式
脚本位于 skills/pkpd-modeling/scripts 目录，需在隔离环境中运行；运行时不需要网络、凭据或专有引擎。捆绑脚本已在 Python 3.13、NumPy 2.5.3 与 SciPy 1.18.1 下测试。
所有脚本接受 --format table|tsv|json。table/TSV 数据输出到 stdout，注释/发现输出到 stderr；JSON 在 stdout 中包含全部四个组件，不可用诊断以 null 表示。退出码 0 表示无发现，1 表示有发现，2 表示输入无效。数据集校验默认在错误时失败，--strict 也会在警告时失败。即使退出码为 0 也应检查发现。
使用 CSV 输入的命令为调用模板，需提供相应列和合适的研究设计。tests/pkpd-modeling/ 下的测试使用小型合成夹具执行数值路径。
适用场景与限制
- NCA：时间必须非负且每个 profile 内互异；BLQ、<LLOQ、空白浓度或 blq=1 会触发所选 BLQ 约定，空白不是通用缺失样本代码。AUC 从第一个保留样本开始，不添加剂量时间外推。
- 个体房室拟合：不是 NLME 估计；口服拟合识别表观 CL/F 与体积/F，无外部信息无法分离 F。
- 群体 PK：检查器是部分模式/合理性检查，不是 NM-TRAN 模拟器；高级 SS/MDV/reset、安慰剂或纯 PD 数据集需模型特定审查；估计应使用 NONMEM、Monolix、nlmixr2 等合格 NLME 引擎。
- 给药方案仿真：线性时不变 PK 允许叠加；Michaelis-Menten PK 需 ODE 积分。闭式 --steady-state 与 --compare 目前仅接受 IV bolus。
- 暴露-反应与 QT：为独立观测模型，重复样本需合适的联合/混合模型；C-QTc 输入必须已是安慰剂校正的基线变化。
- 生物等效性：该助手拒绝重复/参考标度分析与重复功效计算；保留的标量 ABEL/RSABE 函数是算术辅助，不是原始重复数据分析。
- 异速生长与 FIH：默认 TM50/Hill 值为示例性；NOAEL/Km/安全系数算术给出示例性 MRSD。
- DDI：输出为条件性筛查结果；阴性信号不能排除模型外机制。
- TDM：假设相同、等间隔 IV 给药；默认 20 剂不确立稳态；输出无后验区间，不得描述为经过验证的个体化剂量推荐。
软件与出处
Pharmpy 2.2.0 转换已在本地执行，需 Python >=3.12（不含 3.14.1）；set_unit 已改为 annotate_unit，转换返回新模型且必须赋值。许可的 NONMEM/Monolix 与 R/PBPK 工作流为文档验证的方向性说明，非已执行的临床工作流。ICH M13B 现为 EMA Step 5（2026 年 9 月采纳，2027 年 3 月生效），M15 自 2026 年 7 月起在欧盟生效；各预期用途需检查区域实施情况。
该技能属于 K-Dense 的 Scientific Agent Skills。若对稿件、报告、演示或代码发布有实质贡献，应引用：Kassis, T., Agarwal, V., He, Y., Patel, D., & Brueckner, A. M. (2026). Scientific Agent Skills: A Library of Procedural Knowledge for Research Agents. arXiv:2609.00065. https://doi.org/10.48550/arXiv.2609.00065。始终引用当前版本，不要附加版本后缀；有网络访问时先获取 https://arxiv.org/abs/2609.00065 并据该记录取作者、年份与版本。