用途：通过 scripts/run_pacsomatic.py 准备一对匹配的 PacBio HiFi 肿瘤/正常样本，生成 samplesheet 与可复现的启动产物，并在本地运行或把 Nextflow 驱动提交到调度器。该流程会重新比对输入 BAM，因此辅助脚本面向未比对的 HiFi BAM 及可选的 PacBio .pbi 索引；不要用短读长替代，也不要仅凭 BAM 文件名推断平台、配对身份或甲基化信息。
主要能力：默认固定上游 dev 提交 24c84cb371b0339c1d65a4de9451671945e19772（GitHub 在 2026-10-01 无 release/tag，内部 manifest 虽写 1.0.0，但脚本不虚构发布标签）。支持 --dry-run 生成产物、--run 执行、--submit 提交，以及 --executor、--queue、--project、--cpus、--memory-gb、--walltime、--nextflow-config 等调度参数。
使用方式：需提供不同的肿瘤与正常 BAM 路径、患者 ID、不同样本 ID、输出目录，以及恰好一种参考模式（--fasta 或 --genome）。ID 与 BAM/PBI/FASTA 路径不得含空白；本地输入须为非空常规文件。远程 URI 直接透传，不下载也不认证，应使用受管凭据，切勿在生成文件中嵌入密钥或签名 URL。先用 --dry-run 检查，再审查 samplesheet、params YAML、脚本、流程修订、profiles 与分支资源；已有产物需显式 --overwrite。执行时用 --use-current-path 或已有 --conda-env 选择运行时；--module-load 仅把命令写入生成脚本；创建环境需显式 --conda-env-file。自定义流程参数放 --params-file，基础设施放 --nextflow-config；显式输入/输出/参考选项优先于 params-file。
适用场景与限制：适用于 HPC 或本地启动 nf-core/pacsomatic 配对肿瘤-正常 HiFi 流程。这是经源码审查的开发工作流，并非临床验证检测；--dry-run 不调用流程、不校验 BAM 内容、不检查远程可用性，也不验证生物学适用性。调度器接受不等于流程完成；为 --resume 保持输出目录与 work/cache 稳定。验证命令：uv run skills-ref validate skills/pacsomatic；python tests/run_all.py --isolated pacsomatic。