用途:针对 OMERO.server 检查并自动化显微镜数据工作流,覆盖对象遍历、像素、注释、ROI、渲染、表格与导入导出。
主要能力:BlitzGateway(omero-py)用于 Python 客户端对象遍历、像素、注释、ROI、渲染与服务;OMERO CLI 用于会话、导入扫描/导入、OME-TIFF 或 XML 导出、脚本与管理插件;OMERO.web api 与 webgateway 为官方文档称为稳定公共 API 的部分;OMERO.server 脚本为服务器端上传插件。附带本地安全助手:validate_config.py、inventory.py、export_image_metadata.py、plan_transfer.py,均用 argparse,--help 无需安装 OMERO,远程助手默认 dry-run,需 --execute。
使用方式:建议 Python 3.12 环境,安装匹配的 IcePy 3.6.5 wheel 后安装 omero-py==5.22.1;凭据仅从 OMERO_* 环境变量读取,默认 secure=True,连接前先本地校验或 dry-run,并限定主机、组、对象类型、ID 与结果上限。示例命令:uv venv --python 3.12 .venv;source .venv/bin/activate;uv pip install "/absolute/path/to/zeroc_ice-3.6.5-<matching-tags>.whl";uv pip install "omero-py==5.22.1"。
适用场景:显微镜图像元数据盘点、注释与 ROI 导出、有界表格操作、导入导出规划等科研数据工作流。
限制:不得在参数、代码、日志或聊天中放置密码或会话密钥;所有列表、分页、ROI、注释、表格行、像素平面与本地扫描须有界;写入操作需精确复核目标;须在 finally 中关闭连接与服务;不要为测试示例连接真实服务器;Ice 3.7 不受支持;导入/管理命令需 OMERODIR 指向兼容的 OMERO.server 目录。具体服务器版本与客户端配对、证书主机名验证等细节需查阅对应文档。