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nmrglue

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更新于 10-15 23:43

技能介绍

用途:处理均匀采样、参数已知的一维复数 NMR 自由感应衰减(FID),输出降序 ppm 谱、正峰候选、带符号区域积分和可复现处理报告。不识别化合物,也不做共振归属。

主要能力:支持 NumPy .npz(含单个复数 fid 数组)或规范的一维复数时域 NMRPipe 文件;执行指数切趾、补零、FFT 和相位操作;可拟合线性基线;输出 spectrum.csv(降序 ppm、基线校正后实信号、相位虚信号、拟合基线)和 report.json(输入/设置 SHA-256、包版本、全部设置、采集时长、补零数字间距、正峰候选、带符号区域面积)。

使用方式:先保留原始 FID,确定谱宽(Hz)、观测频率(MHz)、载波(ppm)、观测核素和符号约定,并确认是否已做数字滤波/群延迟去除,不要凭数组长度或仪器默认值推断。复制 assets/processing.json,用实测参数替换示例值;-i 表示共振在偏移 f=(ppm-carrier_ppm)observation_mhz 处时间依赖为 exp(-2piif*t),仅相反约定时选 +i。选择非负指数线宽(Hz)、不小于采集 FID 的偶数补零尺寸、首点缩放和相位角。运行命令:uv run --no-project --python 3.12 --with nmrglue==0.12 --with numpy==2.5.3 --with scipy==1.18.1 python skills/nmrglue/scripts/process_1d.py fid.npz processing.json nmr-result。NMRPipe 输入加 --input-format nmrpipe。输出目录必须为新目录。

适用场景:均匀采样、参数与复数频率约定已知的一维 FID 处理与定量积分。

限制:不识别化合物、不归属共振;Bruker、Varian、JEOL 实验导入未经验证;多维处理、非均匀采样、自动归属不在验证范围;峰显著度是最大正实强度比例,非噪声检测限;定量 NMR 还需弛豫延迟、脉冲角、饱和、接收机行为、参考量等,工具不计算浓度或校正不等弛豫;区域超出采样 ppm 轴会报错而非裁剪。