用途：Nextflow 是数据流式工作流语言与运行时，用于构建可复现、可移植、可扩展的数据流水线，在生物信息学中占主导，也适用于其他数据密集型计算。nf-core 是社区维护的生产级流水线、可复用模块及工具集。本技能既覆盖运行已有流水线，也覆盖自行开发（语言、nf-core 约定、nf-test 测试、配置与部署）。
主要能力：数据流编程，process 由 channel 连接，执行顺序与并行度由数据依赖推断，无需显式调度器；同一流水线通过改配置/配置文件即可在本地、HPC（SLURM、SGE、LSF、PBS）与云（AWS Batch、Google Batch、Azure Batch、Kubernetes）运行；通过固定软件环境与流水线版本、不可变输入与参考、记录参数与随机种子实现可复现。DSL2 为现代必需语法，支持模块化 process/workflow/include。
使用方式：安装自安装启动器，设置 export NXF_VER=26.04.6，用 curl -fsSL https://get.nextflow.io -o install-nextflow.sh 下载并审阅后执行；也可用 conda 安装 nextflow=26.04.6 nf-core=4.1.0，或用 uv tool install "nf-core==4.1.0" 安装 nf-core 工具。运行示例：nextflow run nf-core/rnaseq -r 3.27.0 -profile test,docker --outdir test_results；正式运行用 -profile docker、--input、--fasta、--gtf、--outdir、-resume，-r 固定版本。单横线 -profile 选择内置配置，双横线为流水线参数。编写最小流水线用 process 与 workflow，channel.of 连接 process，nextflow run main.nf 运行。
适用场景：运行或调试 nf-core 与自定义流水线；编写或修改 .nf、nextflow.config、profiles、nextflow_schema.json；开发测试 nf-core 风格模块/子工作流；配置执行器、容器与资源并扩展到 HPC 或云；实现科学工作流。
限制：需 Bash 3.2+ 与 Java 17–26，需验证 java -version；26.04 默认严格解析器；-resume 是计算缓存而非科学验证；测试 profile 通过只验证配置与测试数据，不代表科学准确性或全规模能力；稳定版与边缘版文档可能不同，未明确测试的预览特性不应使用；离线/HPC 场景需参考离线模式与配置文档。具体收费、价格与平台支持细节暂未提供。