用途：matchms 是处理串联质谱（MS/MS）的 Python 包，用于谱图导入、清洗、处理与比对，适用于 MS/MS 谱库检索、查询与参考谱打分、元数据协调、加合物与前体处理、峰过滤，以及余弦、修饰余弦、中性丢失、近似与熵打分，并支持结构化打分矩阵、top-hit 提取与谱网络。支持 MGF、MSP、mzML、mzXML、JSON、mzSpecLib 及代谢组学 USI 工作流。
安装：uv pip install "matchms==0.33.1"；验证：uv run python -c "import matchms; print(matchms.version)"。0.33.1 支持 Python 3.10-3.14，RDKit 为常规依赖，旧的 matchms[chemistry] extra 已不在当前包元数据中。
用法要点：加载时默认启用元数据协调；对查询与参考谱应用相同峰处理步骤；显式丢弃无效谱（许多 require_* 过滤器返回 None）；按科学问题选择打分方法，修饰与中性丢失打分需有效 precursor_mz；打分前估算 len(references)*len(queries)。报告需包含容差与单位、预处理、打分名称、匹配峰数及候选元数据；余弦族容差是绝对 m/z 窗口（Da），不是 ppm。
API 注意：使用 ModifiedCosineGreedy 或 ModifiedCosineHungarian（ModifiedCosine 已在 0.32.0 移除）；不要调用 add_losses()（0.27.0 移除），改用 spectrum.losses、spectrum.compute_losses(...) 或 NeutralLossesCosine；SpectrumProcessor 不可调用，用 process_spectrum() 或 process_spectra()，后者返回 (processed_spectra, processing_report)；Scores.scores 是 StackedSparseArray；scores_by_query() 返回 (reference_spectrum, score_record) 对；参数名优先用 spectra。切勿加载不可信 pickle 文件。
限制：matchms 不替代 LC-MS 特征检测、色谱对齐、肽段鉴定或蛋白定量（用 pyopenms）；不处理厂商原始文件转换，需先转 mzML/mzXML；相似度是证据而非身份确证。不要使用通用“鉴定阈值”，应保留打分与匹配峰数。不要对未做相同处理的参考谱比较原始查询谱；无有效前体元数据时不要用修饰或中性丢失打分；不要假设 Scores 值是普通浮点数；不要无界启动全对全比较。
本技能附带 scripts/library_search.py 命令行谱库检索脚本，可输出 CSV，支持 --metric、--tolerance、--top-k、--min-score、--min-matches 等参数。更多细节见 references/ 下的 importing_exporting、filtering、similarity、workflows、migration、sources 文档。