用途：JASPAR（https://jaspar.elixir.no/）是转录因子（TF）结合谱数据库，以位置频率矩阵（PFM）存储经过整理、非冗余的转录因子结合位点数据。JASPAR 2024 收录 164 个真核物种的 1,210 个非冗余 TF 结合谱，每个谱均来自实验数据（ChIP-seq、SELEX、HT-SELEX、蛋白结合微阵列等）。适用于 TF 结合位点预测、调控变异解读、启动子/增强子分析、基因调控网络构建、TF 家族分析、ChIP-seq 分析以及 ENCODE/ATAC-seq 开放染色质区域解读。
主要能力：通过 REST API（https://jaspar.elixir.no/api/v1/，文档 https://jaspar.elixir.no/api/v1/docs/）检索 TF 结合谱，可按 TF 名称、物种（分类学 ID 或名称）、TF 类别、TF 家族和 collection 筛选并分页；按矩阵 ID（如 CTCF 的 MA0139.1）获取具体矩阵；将 PFM 转换为 PWM（对数几率，背景 0.25）；用 PWM 扫描 DNA 序列预测结合位点，支持正负链扫描、阈值选择（如最大分数的 80% 或 90%）以及变异（SNP）对 TF 结合影响的参考/替代序列对比。可用 Python 的 requests 直接调用 API，或使用 Biopython 的 motifs 模块。
使用方式：基础调用为 https://jaspar.elixir.no/api/v1/，例如检索人类 CTCF 结合谱可请求 matrix 端点并传入 name、species、collection、page、page_size 等参数；获取矩阵后按 A、C、G、T 转换为 PWM 并扫描序列。常见流程包括：在启动子中查找 TF 结合位点、评估 SNP 对 TF 结合的获得/破坏、对峰序列做 motif 富集分析。
collection 包括 CORE（约 1,210）、UNVALIDATED（约 500）、PHYLOFACTS（约 50）、CNE（约 30）、POLII（约 20）、FAM（约 170）、SPLICE（约 20）。多数分析建议使用 CORE；去预测常用最大分数的 80% 作为阈值，高置信度可用 90%；需扫描正负两条链，变异分析需提供足够侧翼序列（每侧至少 motif 长度减 1 bp）；并注意背景 GC 含量影响。
限制：motif 扫描假阳性较多，建议与 ChIP-seq 数据交叉验证；大规模扫描可考虑 FIMO（https://meme-suite.org/meme/tools/fimo/）或 HOMER（http://homer.ucsd.edu/homer/）。资料未提供该技能的具体安装命令、收费模式与运行环境要求，暂未提供。