SuperAPI AI 工具集

interpro-database

数据与分析

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更新于 10-15 23:43

技能介绍

用途:通过 InterPro 资源对蛋白质进行家族、结构域、同源超家族、重复序列与功能位点注释,整合 Pfam、PANTHER、PRINTS、ProSite、SMART、TIGRFAM、SUPERFAMILY、CDD、HAMAP、NCBIfam、Gene3D、PIRSR 等 13 个成员数据库,统一呈现超过 1 亿条蛋白序列的功能注释。

主要能力:支持按 UniProt 编号查询蛋白的全部 InterPro 条目、获取特定 InterPro/Pfam 条目详情、按条目检索蛋白、解析完整结构域架构与序列位置、提取 GO 术语、批量查询蛋白以及按文本或分类学检索条目。

使用方式:REST API 基址为 https://www.ebi.ac.uk/interpro/api/,请求头设置 Accept: application/json。常用端点包括 /protein/UniProt/{id}/、/protein/UniProt/{id}/entry/InterPro/、/entry/InterPro/{id}/、/entry/Pfam/{id}/、/entry/InterPro/{id}/protein/UniProt/、/entry/InterPro/、/taxonomy/UniProt/{tax_id}/、/structure/PDB/{pdb_id}/。示例:requests.get("https://www.ebi.ac.uk/interpro/api/protein/UniProt/P04637/entry/InterPro/")。对 UniProt 中不存在的序列,可提交 InterProScan 网页服务或本地运行。

适用场景:未知蛋白功能预测、结构域架构分析、蛋白家族分类、GO 注释映射、同源超家族进化分析、结构预测对照、蛋白质组批量注释等。

限制:大数据集需处理分页;批量查询建议限速(示例中每次间隔 0.3 秒);建议使用 UniProt 编号而非基因名;需区分条目类型(family 为宽泛分类,domain 为具体结构/功能单元)。官方未在资料中说明收费、价格或平台限制。