用途:通过 GTEx(Genotype-Tissue Expression)门户与 REST API v2 查询组织特异性基因表达、eQTL(表达数量性状位点)和 sQTL(剪接数量性状位点)。适用于 GWAS 位点解读、跨 54 种非疾病人体组织的表达比较、eQTL 共定位、多组织 eQTL 分析、剪接 QTL 与组织特异性分析。
主要能力:API 基址为 https://gtexportal.org/api/v2/,返回 JSON、无需认证、支持分页。关键端点包括 /expression/medianGeneExpression(组织间中位 TPM)、/expression/geneExpression(表达分布)、/association/singleTissueEqtl(显著 eQTL)、/association/singleTissueSqtl(显著 sQTL)、/association/egene(组织内 eGene)、/dataset/tissueSiteDetail(组织元数据)、/reference/gene(基因元数据)、/variant/variantPage(按 rsID 或位置查询变异)。数据集含 gtex_v10(约 960 名供体、54 种组织)与 gtex_v8(838 名供体、49 种组织)。
使用方式:用 requests 发起 GET 请求,示例:url = "https://gtexportal.org/api/v2/expression/medianGeneExpression",参数含 gencodeId、datasetId、itemsPerPage。基因查询建议用 GENCODE ID(如 ENSG00000130203.10),版本后缀在部分端点有影响;变异 ID 格式为 chr{chrom}{pos}{ref}_{alt}_b38(GRCh38);组织调用使用 tissueSiteDetailId(如 Whole_Blood)。大查询需遍历分页。全基因组分析可下载汇总统计,如 wget https://storage.googleapis.com/adult-gtex/bulk-qtl/v10/single-tissue-cis-qtl/GTEx_Analysis_v10_eQTL.tar 与 wget https://storage.googleapis.com/adult-gtex/bulk-gex/v10/rna-seq/GTEx_Analysis_v10_RNASeQCv2.4.2_gene_reads.gct.gz。
限制与注意:显著性阈值采用 FDR < 0.05(q 值);slope 为替代等位基因效应,正值表示表达升高;共定位可用 coloc 等 R 包结合完整汇总统计;具体收费、配额与更新频率资料未提供。