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depmap

数据与分析

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更新于 10-16 06:21

技能介绍

用途:该技能用于对癌症模型中的基因依赖性进行排序、比较预设生物标志物队列、检查共必需性,以及将遗传依赖性与 PRISM 化合物响应关联。此类分析产生靶点与合成致死假设,不确立临床疗效、治疗窗口或因果关系。

主要能力:DepMap 整合 Broad 与 Sanger 的 CRISPR 筛选,并托管独立的 RNAi 与药物筛选数据集。技能提供脚本辅助函数,如 fetch_catalogue、select_file、verify_md5、load_gene_effect、load_models、gene_profile、biomarker_scan、coessentiality,用于获取目录、校验文件、加载基因效应矩阵、生成基因谱、扫描生物标志物关联和计算共必需性。

使用方式:先通过 DepMap Downloads 与所选发布的 README 发现发布版本,再获取文件。已验证的公开端点 GET https://depmap.org/portal/api/no-captcha/download/files 返回完整 CSV 目录,无需请求体、API 密钥或分页参数,必需元数据列包括 release、release_date、filename、md5_hash。使用前应校验 md5,并保存元数据、检索日期、发布引用、本地校验和与 README。分析前需检查文件契约,例如 CRISPRGeneEffect.csv 为模型级 Chronos 效应,行是 ModelID,列保留 Symbol (EntrezID);Model.csv 以 ModelID 为键;组学文件可能以 SequencingID、ModelConditionID 或 ModelID 索引,需用 IsDefaultEntryForModel == Yes 标志选择默认条目。

适用场景:靶点依赖性排序、生物标志物队列比较、共必需性分析、PRISM 药物敏感性关联。

限制:Chronos 基因效应连续无界,越负表示适应度损失越强,约 0 为非必需对照锚点,−1 为常见必需对照锚点,−1 不是依赖性边界;≤ −0.5 等过滤为探索性,不是 p 值、FDR 或概率阈值。二值调用需检查所选文件的统计量与方向,高依赖概率与低 FDR 是不同规则。生物标志物扫描为单侧 Mann–Whitney 探索性筛选,不调整协变量,min_n=5 仅为示例下限。共必需性不证明物理相互作用或共享通路。表达、拷贝数与 CRISPR 可能共享技术混杂因素。受保护门户端点返回验证页,认证下载与当前矩阵端到端分析尚未验证;未验证存在可用的 bearer-token API 或未记录的基因查询端点。缺失事实暂未提供。