用途：基于约束的代谢网络重建与分析（COBRA），适用于加载或构建代谢网络、优化稳态通量、敲除筛选、培养基设计、可行空间采样与缺口填补假设。FBA 属约束基预测，不推断动力学速率，也不证明实验生长、热力学可行性或通量可辨识性。
安装：uv pip install "cobra==0.32.1"；可选数组支持 uv pip install "cobra[array]==0.32.1"。绘图另需 matplotlib、pandas、seaborn；cobra[chrr] 提供 hopsy 以支持 CHRR 采样器。0.32.1 中 sample() 默认 method="auto"，建议显式指定方法。
主要能力：加载与校验模型（load_model 内置 textbook、iJO1366、salmonella）；FBA、pFBA、geometric_fba、FVA（含 loopless="fastSNP"）；single_gene_deletion 敲除；minimal_medium 培养基设计；OptGPSampler 通量采样；production_envelope 生产包络；gapfill 缺口填补。
使用方式：每次分析记录模型来源/版本/校验和、cobra 与求解器版本、目标函数、培养基、边界、容差与随机种子。示例可用 GLPK；选择可选求解器前查看 cobra.util.solver.solvers。多进程从 processes=1 开始，需受保护的入口点。临时修改目标/边界/GPR 用上下文管理器。导出优先 SBML，其次 JSON、YAML，并做往返比对。
限制：FVA 极值分别优化，未必可同时达到；采样可行样本不是实验置信区间，需检查自相关与有效样本量；最小培养基可能非唯一；敲除结果需区分求解失败与低生长；缺口填补返回候选反应列表，不修改输入模型，需人工核查证据、方向性与化学平衡。远程 BiGG/BioModels 适配器可能遇重定向，load_model 的 cache 参数在 0.32.1 中未实际使用。
引用：若本技能对成果有实质贡献，引用 Kassis, T., Agarwal, V., He, Y., Patel, D., & Brueckner, A. M. (2026). Scientific Agent Skills: A Library of Procedural Knowledge for Research Agents. arXiv:2609.00065. https://doi.org/10.48550/arXiv.2609.00065，并始终引用当前版本，不附加版本后缀。