用途：通过 cellxgene-census 技能以编程方式访问 CZ CELLxGENE Discover 的标准化单细胞与空间转录组数据，无需先下载完整数据集即可查询和分析。2025-11-08 稳定 LTS 版本包含 217+ 百万细胞、125+ 百万唯一细胞和 1,845 个数据集，覆盖人、小鼠、狨猴、恒河猴和黑猩猩，提供标准化元数据、原始表达矩阵、预计算汇总计数、嵌入和空间数据。
主要能力：按细胞类型、组织、疾病等元数据查询表达数据；探索可用数据集与元数据；大规模跨数据集分析；训练机器学习模型；与 Scanpy 等框架集成；访问预计算嵌入或模型预测。
安装：uv pip install "cellxgene-census==1.18.0"；空间工作流用 uv pip install "cellxgene-census[spatial]==1.18.0"；PyTorch 训练用 uv pip install "cellxgene-census==1.18.0" tiledbsoma-ml（1.18.0 已移除旧的 cellxgene_census.experimental.ml 加载器）。
用法要点：始终固定 census_version 以保证可复现，如 cellxgene_census.open_soma(census_version="2025-11-08")；除非分析重复数据，查询中应包含 is_primary_data == True；大查询先用 axis_query 估算规模，必要时用 out-of-core 处理；只选择需要的元数据列；基因查询需检查数据集存在矩阵，基因符号在 schema 2.4.0 中不一定唯一，应以 feature_id 为键。
适用场景：组织内细胞类型探索、标记基因表达查询、细胞类型分类器批次读取、跨组织分析等。
限制：资料未提供收费、价格或平台支持信息；远程查询示例需在加载大表达切片前验证所选版本与返回 schema；组织效应推断需按供体和研究来源聚合或建模，不能把同一供体的数千细胞当作独立重复。