用途：当需要可重复的 CellProfiler .cppipe 流程、细胞核计数、核荧光或批量显微测量时使用。内置 assay 接受每视野一张 2D 灰度 TIFF 核通道，要求黑为零（MINISBLACK）、暗背景亮核；调色板或白为零 TIFF 需显式转换。体积分割、多通道 cell painting 或组织专用模型需另建流程并验证假设，不要静默投影或拆分图像。
主要能力：以 assets/nuclei.cppipe 为起点，流程为 LoadData → IdentifyPrimaryObjects → 强度/尺寸测量 → 轮廓叠加 → CSV 导出。初始直径范围 8–80 像素，全局 Otsu 阈值，无阈值平滑，排除边界对象。输出 Image.csv（每视野一行，含 Count_Nuclei）、Nuclei.csv（每对象一行，含平均/积分 DNA 强度、面积、形状）、*_nuclei.png 轮廓叠加、pipeline.cppipe、cellprofiler.done 与 assay_qc.json。
使用方式：先建立采集单元（板、孔、位点、时间点、像素尺寸、核通道、位深、曝光、生物学重复），保留原始强度，专有格式先用 Bio-Formats 转换。创建 images.csv，sample_id 用字母数字点划线下划线且非纯数字（如 sample_001），避免空白。命令： python scripts/nuclei_assay.py prepare images.csv load_data.csv python scripts/nuclei_assay.py run images.csv results --executable cellprofiler python scripts/nuclei_assay.py summarize results run 要求输出目录为空，以 -c -r 执行并记录命令、流程校验和、输入校验和与 QC。
限制：TIFF 须为 uint8/uint16、单平面/系列/分辨率且非常量，拒绝 RGB、z-stack 和浮点图像。LoadData 按存储最大值缩放（uint8→255，uint16→65535），12 位相机存于 uint16 时最大值约 0.0625，跨位深/曝光/增益/染色批次不可直接比较强度。饱和图像可能通过分割但强度不可用。计数检查不能证明分割正确，需检查叠加图与独立标注。官方应用与手册为 4.2.8，PyPI 为 4.2.8.1，本次审查未执行该原生发行版。