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数据与分析

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更新于 10-15 23:43

技能介绍

用途:把神经科学和生物医学原始数据(影像、电生理、行为)整理为符合 BIDS 社区标准的目录结构,并对既有 BIDS 数据集做查询、校验与转换。BIDS 规范按 v1.11.2 校订,支持 MRI、PET、显微、EEG、MEG、iEEG、EMG、NIRS、动作捕捉等 11 类模态。

主要能力:按受试者、会话、任务、run、模态等实体查询与索引数据集;用 bids-validator 做合规检查;将 DICOM 转换为 BIDS;编辑 JSON sidecar 元数据;创建衍生产物;生成 dataset_description.json;配置 .bidsignore;为 OpenNeuro、DANDI 等仓库准备上传数据。核心工作流共 12 类,含目录结构、元数据 sidecar、事件文件、participants.tsv、衍生产物、PyBIDS 进阶、BIDS-Apps 等。

安装命令(保持原样): uv pip install pybids uv pip install bids-validator-deno uv pip install heudiconv uv pip install dcm2bids uv pip install nibabel uv pip install pydicom

使用方式:用 PyBIDS 的 BIDSLayout 做索引查询,大数据集可用 database_path 缓存、改动后 reset_database=True 重建;用 bids-validator 校验并记录校验器与 schema 版本,索引成功不等于完全合规,需查看告警与元数据继承。DICOM 转换常用 HeuDiConv、dcm2bids、BIDScoin。

限制与注意:BEP 属提案,非已采纳要求,使用草稿实体前需查阅状态;bundled 快照为 BIDS 1.11.2 / schema 2.0.0。缺少 dataset_description.json 会被判为非 BIDS 数据集;衍生产物目录必须自带 dataset_description.json 且 DatasetType 为 derivative。缺失元数据(如 SliceTiming)应记录而非编造。TSV 需 UTF-8、制表符分隔、Unix 换行,缺失值写 n/a。具体收费、平台、价格等资料未提供。