用途：AnnData 是 Python 包，用于处理带注释的数据矩阵，把实验测量值（X）与观测元数据（obs）、变量元数据（var）以及多维注释（obsm、varm、obsp、varp、uns）一起存储。最初为单细胞基因组学设计，现为通用注释数据框架，适合需要高效存储、操作和分析的注释矩阵。
主要能力：创建、读取、写入 AnnData 对象；处理 h5ad、zarr 等格式；单细胞 RNA-seq 分析；用稀疏矩阵或 backed 模式管理大数据集；拼接多个数据集或实验批次；子集、过滤、转换注释数据；与 scanpy、scvi-tools 等 scverse 生态工具集成。
安装：uv pip install "anndata==0.13.4"；惰性 I/O 与 dask 支持：uv pip install "anndata[dask,lazy]==0.13.4"。要求 Python 3.12+。
用法要点：用 ad.AnnData(X, obs=obs, var=var) 创建；用 ad.read_h5ad、ad.read_zarr 读取，非原生格式用 anndata.io 的 read_csv、read_mtx 等；用 adata.write_h5ad、write_zarr 写出；用 ad.concat 拼接（axis=0 观测、axis=1 变量）；用 adata[条件] 子集。10X Genomics 读取需用 scanpy。
限制：0.13 中 AnnData.concatenate() 已移除，旧 ad.read、*_keys() 等已弃用；.X 同时是 layers[None]；Zarr v3 与自动分片为默认；backed 稀疏项赋值不支持；AnnLoader 与 Loom 读写已弃用；AnnCollection 等为实验性 API。文件路径、生物学分析、远程存储与第三方集成示例多为示意，需自行验证。