用途：把经审阅的碳原子映射、明确示踪剂配比和校正后的标记测量，转换为可行通量估计，并给出实验可约束哪些通量的证据。使用内置求解器，而非自行重建同位素平衡或逐反应拟合。
主要能力：运行 mfapy 的 EMU 正向模拟器，用 SciPy 在质量平衡可行空间内拟合通量，不使用 FBA 目标函数。支持代谢与同位素稳态、一个或多个示踪实验共享同一通量状态、非负单向反应通量、碳子集质量分布。可逆反应按两个单独映射方向处理。测量误差为高斯分布，需提供协方差或披露的对角近似。
使用方式：在用户分析目录中安装依赖：uv venv --python 3.12 .venv-mfa；uv pip install --python .venv-mfa/bin/python -r "$SKILL_DIR/assets/requirements.txt"（Windows 用 Scripts/python.exe）。CLI 为 scripts/mfa.py，含 check、simulate、fit 子命令。示例：.venv-mfa/bin/python "$SKILL_DIR/scripts/mfa.py" check --model model.json --data measurements.json --output input-check.json；simulate 需要质量平衡通量向量；fit 用 --starts、--seed、--profile 等参数。
适用场景：稳态 13C-MFA 同位素标记数据分析，验证通路分配、TCA 等环状网络计算与可识别性评估。
限制：需自行提供碳网络与原子分配来源、两种稳态假设的证据、各碳输入的位置同位素分布、片段碳归属、校正历史与不确定度。缺少信息应指出而非编造。不支持非稳态 MFA、同位素动力学效应、未建模池或区室、MS/MS 联合分布、多元素同位素校正、分数碳化学计量/伪反应及生物体规模性能保证。