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torchdrug

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更新于 10-15 23:32

技能介绍

用途:TorchDrug 是面向药物发现与分子科学的 PyTorch 机器学习工具箱,用图神经网络、预训练模型和任务定义处理分子、蛋白质及生物知识图谱。

主要能力:分子性质预测(ADMET、毒性、活性、结合亲和力等);蛋白质建模(序列与结构、功能、稳定性、相互作用);知识图谱推理(药物重定位、基因-疾病关联、多跳推理);分子生成(自回归、GCPN、GraphAutoregressiveFlow);逆合成(USPTO-50k、反应中心识别、合成子补全、多步规划);提供 GCN、GAT、GIN、RGCN、MPNN、SchNet、GearNet、ESM、ProteinBERT、TransE、RotatE、ComplEx 等模型,以及 40+ 数据集。

使用方式:安装命令为 uv pip install torchdrug,可选依赖用 uv pip install torchdrug[full]。典型流程为加载数据集(如 datasets.BBBP)、定义模型(如 models.GIN)、创建任务(如 tasks.PropertyPrediction)、用 PyTorch 优化器与 DataLoader 训练。可与 RDKit 互转分子,与 AlphaFold/ESM 结合处理蛋白质结构,也可包装进 PyTorch Lightning。

适用场景:分子性质与 ADMET 预测、蛋白质功能与结构预测、药物-靶点结合预测、新分子生成、合成路线规划、生物医学知识图谱链接预测。

限制:资料未提供收费、价格、平台支持范围与性能保证等信息;使用需具备 PyTorch 与相关领域知识,部分任务依赖 RDKit、AlphaFold、ESM 等外部库。官方文档 https://torchdrug.ai/docs/,GitHub https://github.com/DeepGraphLearning/torchdrug。