rdkit

用途：RDKit 是化学信息学工具库，提供 Python API 进行分子分析与操作，适用于药物发现、计算化学和化学信息学研究。

主要能力：

1. 分子读写：用 Chem.MolFromSmiles、MolFromMolFile、MolFromMolBlock、MolFromInchi 读取结构，用 MolToSmiles、MolToMolBlock、MolToInchi 输出；支持 SDMolSupplier、SmilesMolSupplier、ForwardSDMolSupplier、MultithreadedSDMolSupplier 批量读取和 SDWriter 写出。
2. 清洗与校验：解析时自动 sanitize（价键检查、芳香性感知、手性赋值等 13 步），可用 sanitize=False 关闭、Chem.SanitizeMol 手动执行、DetectChemistryProblems 检测问题。
3. 结构与性质：遍历原子/键、环信息、SSSR、手性中心、片段与 Murcko 骨架；用 Descriptors 计算 MolWt、ExactMolWt、MolLogP、TPSA、氢键供受体、可旋转键、芳香环等，CalcMolDescriptors 可一次算全部。
4. 指纹与相似性：RDKFingerprint、Morgan 指纹、MACCS keys、原子对、拓扑扭转、Avalon 指纹；用 DataStructs 计算 Tanimoto、Dice、Cosine 相似度，支持 Bulk 批量与 Butina 聚类。
5. 子结构检索：用 SMARTS 定义查询，HasSubstructMatch、GetSubstructMatches 匹配。
6. 化学反应：ReactionFromSmarts 定义反应，RunReactants 生成产物，支持原子映射与反应指纹。
7. 2D/3D 坐标：Compute2DCoords 生成二维坐标，EmbedMolecule、EmbedMultipleConfs 生成构象，UFF/MMFF 优化，计算 RMSD 与对齐。
8. 可视化：Draw.MolToImage、MolToFile、MolsToGridImage 绘图，支持高亮子结构、rdMolDraw2D 自定义、Jupyter 内联显示、指纹位可视化。
9. 分子修饰与标准化：AddHs/RemoveHs、Kekulize、ReplaceSubstructs、Uncharger 中和电荷、rdMolHash 生成哈希、随机 SMILES。
10. 药效团：ChemicalFeatures 加载特征工厂并获取药效团特征。

使用方式：通过 Python 导入 rdkit 包调用上述 API；MolFrom* 失败返回 None，处理前需判空。

限制：资料未提供安装命令、版本、收费与平台信息；部分功能（如 Avalon 指纹）标注为“if available”。