用途：gget 是命令行生物信息学工具兼 Python 包，通过统一接口访问 20 多个基因组数据库与分析方法，覆盖基因信息、序列分析、蛋白结构、表达数据和疾病关联。所有模块既可作命令行工具，也可作 Python 函数调用。
主要能力：参考基因组下载（gget ref）、基因搜索（gget search）、基因/转录本信息（gget info）、序列获取（gget seq）；序列比对含 BLAST、BLAT、Muscle5 多序列比对、DIAMOND 局部比对；结构分析含 PDB 查询、AlphaFold 结构预测、真核线性基序预测（elm）；表达与疾病数据含 ARCHS4、CELLxGENE、Enrichr 富集分析、Bgee、OpenTargets、cBioPortal、COSMIC；另有 mutate 等工具。
使用方式：安装可用 uv pip install gget 或 pip 升级安装，Python 中 import gget。命令行格式为 gget <module> [arguments] [options]，Python 为 gget.module(arguments, options)。多数模块命令行默认返回 JSON，加 -csv 返回 CSV；Python 返回 DataFrame 或字典。通用参数有 -o/--out 保存结果、-q/--quiet 静默、-csv 输出 CSV。部分模块需先运行 gget setup（如 alphafold、elm、cellxgene），AlphaFold 还需先安装 openmm。
适用场景：需要快速进行 BLAST 检索、批量查询基因与蛋白注释、获取参考基因组、做富集分析或癌症基因组可视化的科研与生信工作流。
限制：所查询数据库持续更新，结构可能变化，模块每两周自动测试并在必要时更新。COSMIC 商业使用需付费许可并需账号凭据。部分功能依赖外部工具（如 ref 下载需 curl）。资料未提供具体收费价格、平台支持范围及性能指标。