用途:对科学数据文件执行探索性数据分析(EDA),自动识别文件类型、提取格式相关元数据、评估数据质量,并生成便于记录与后续分析规划的Markdown报告。
主要能力:覆盖六大类、200多种科学文件格式——化学与分子(.pdb、.mol、.xyz、.dcd等)、生物信息与基因组(.fasta、.fastq、.bam、.vcf等)、显微与影像(.tif、.nd2、.czi、.dcm等)、光谱与分析化学(.mzML、.jdx、.spc等)、蛋白质组与代谢组(.mzid、.mzTab等)、通用科学数据(.npy、.csv、.hdf5、.parquet、.fits等)。支持格式相关统计分析、缺失值与异常值检查、可视化与分析建议。
使用方式:用户提供文件路径后,先按扩展名在对应参考文件中查找格式信息(如references/bioinformatics_genomics_formats.md),再执行分析。可运行脚本:python scripts/eda_analyzer.py <filepath> [output.md],该脚本自动识别文件类型、加载格式参考、执行分析并生成报告;也可在对话中按格式自定义分析。报告包含基本信息、格式详情、数据分析、关键发现与建议,按{original_filename}_eda_report.md命名保存。
限制:许多格式依赖专用Python库(如biopython、rdkit、tifffile、pymzml等),缺失时需按提示安装;超大文件建议抽样、分块或内存映射;未知扩展名需向用户确认格式。参考文件较大,建议按扩展名检索而非整体加载。