用途:在 DNAnexus 云端生物医学数据分析与基因组学平台上构建和部署应用/小程序、管理数据对象、运行工作流,并用 dxpy Python SDK 开发与执行基因组学流程。
主要能力:1)应用开发——用 dx-app-wizard 生成骨架,编写 Python 或 Bash 应用并设置入口点,处理输入输出,用 dx build 或 dx build --app 部署并测试,适用于比对、变异检出、质控过滤、格式转换等流程。2)数据操作——用 dxpy.upload_local_file() 与 dxpy.download_dxfile() 上传下载,按名称、属性或类型搜索,克隆项目数据,管理文件夹与权限,适用于测序数据上传、结果整理、参考基因组管理。3)作业执行——用 applet.run() 或 app.run() 启动作业,监控状态与日志,创建子作业并行处理,构建多步骤工作流并串联输出。4)Python SDK——数据对象句柄(DXFile、DXRecord、DXApplet 等)、高层函数、直接 API 调用与对象链接。5)配置与依赖——编写 dxapp.json 指定输入输出与运行规格,用 execDepends 安装系统包,使用资产与 Docker,配置实例类型和超时。
使用方式:安装 uv pip install dxpy;登录 dx login;用 dx --version、dx whoami 验证。典型模式包括批量并行处理多个文件、多步骤流水线串联、按目录与元数据系统化组织结果。
限制:需具备 DNAnexus 账号与项目访问权限;实例类型、超时、成本与存储类别等需自行配置;具体收费与价格资料未提供,暂未说明。
参考文档:https://documentation.dnanexus.com/ 、http://autodoc.dnanexus.com/ 、https://github.com/dnanexus/dx-toolkit ,支持邮箱 support@dnanexus.com。