COBRApy 是用于代谢网络约束重建与分析（COBRA）的 Python 库，面向系统生物学与代谢工程研究，可对基因组尺度代谢模型进行模拟，预测表型并开展代谢工程分析。
主要能力：模型管理方面，可用 load_model 加载内置模型（如 textbook、ecoli、salmonella），用 read_sbml_model、load_json_model、load_yaml_model 读取文件，并用 write_sbml_model、save_json_model、save_yaml_model 保存。模型结构上可访问 reactions、metabolites、genes，查看反应方程、通量边界、GPR 规则、代谢物分子式与区室。
分析功能包括：通量平衡分析（model.optimize、slim_optimize、pfba、geometric_fba）；通量变异分析（flux_variability_analysis，支持 fraction_of_optimum 与 loopless）；单/双基因与反应敲除（single_gene_deletion、double_gene_deletion 等，双敲除支持多进程）；培养基管理（model.medium、minimal_medium）；通量采样（sample，支持 optgp、achr 方法）；生产包络（production_envelope）；缺口填充（gapfill）；以及从零构建模型（Model、Reaction、Metabolite）。
使用方式：通过 pip 安装后导入 cobra 模块，加载模型并调用相应函数；临时修改可用 with model 上下文管理器，退出后自动还原。常用工作流包括预测生长、基因敲除筛选、培养基优化与通量不确定性分析。
限制与注意：模型需先验证可行性；优化后应检查 solution.status；不可行、无界或导入错误需排查约束、边界与文件格式；求解器可切换（GLPK、CPLEX、Gurobi）；采样与双敲除可并行以提升性能；模型交换与长期存储建议使用 SBML 格式。官方文档见 https://cobrapy.readthedocs.io/en/latest/。