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scgpt

数据与分析

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更新于 10-15 23:32

技能介绍

用途:scGPT 是单细胞生物学基础模型,用于对单细胞表达数据生成细胞嵌入并进行细胞注释。

主要能力:加载 scGPT 词表与检查点;对 AnnData 数据生成每个细胞的嵌入向量(默认 512 维),结果存放在 .obsm["X_scGPT"],可交给 scanpy 做邻居图、UMAP、Leiden 聚类等下游分析,或与 scvi-tools 的潜空间比较。

使用方式:环境需 Python 3.10+(推荐 3.11)、CUDA 12.1+(推荐 12.4+)、GPU 显存至少 16 GB(推荐 24 GB+)。检查点是原始目录(args.json、best_model.pt、vocab.json),不是 Hugging Face 仓库,需指向目录路径。加载词表:from scgpt.tokenizer.gene_tokenizer import GeneVocab;gv = GeneVocab.from_file("/path/to/scgpt-human/vocab.json")。嵌入:from scgpt.tasks import embed_data;emb = embed_data(adata, model_dir="/path/to/scgpt-human", gene_col="feature_name", use_fast_transformer=False)。也可在远程算力上提交任务,通过 host.compute.create(provider) 与 submit_job 运行 embed.py,再用 wait_for_notification 等待完成并保存产物。

适用场景:单细胞表达数据的嵌入、聚类与注释,以及与其他潜空间方法的对比。

限制与注意:use_fast_transformer 默认 True,但可能因 flash_attn 无法导入而失败,建议显式设为 False;基因名必须与词表匹配,不匹配的基因会被丢弃,需正确设置 gene_col;旧版 torchtext 兼容层可能导致 'Vocab' 对象属性错误;环境清单中该发行版名为 scGPT,查找时需规范化键名。官方未提供收费、价格或效果数据。