SuperAPI AI 工具集

evo2

智能体与模型

查看项目

更新于 10-15 23:32

技能介绍

用途:Evo 2 是面向 DNA 的长上下文基因组基础模型,可对序列计算似然分数、生成嵌入并生成 DNA 序列。适合逐核苷酸或逐序列打分、变异效应分析(用 Δll = ll_alt - ll_ref 在固定窗口内比较)以及序列生成。

主要能力:score_sequences 返回每条输入序列的平均对数似然列表(list[float] 或 np.ndarray),越负表示模型下越不可能;generate 返回 GenerationOutput,含 .sequences、.logits 和 .logprobs_mean。模型包括 evo2_7b(7B,上下文 1M nt,约 22 GB)、evo2_40b(40B,1M nt,约 78 GB,需 H100 80 GB 或多 GPU)、evo2_1b_base(1B,8K nt,约 6 GB,FP8 需 sm_89+)。

使用方式:安装 pip install evo2,首次加载模型时从 Hugging Face 拉取权重。加载示例:from evo2 import Evo2; model = Evo2("evo2_7b")。打分传入 list[str],API 自行分词。生成可指定 prompt_seqs、n_tokens、temperature。远程计算可提交作业,并在脚本中设置 HF_HOME 指向权重缓存挂载、HF_HUB_OFFLINE=1。

环境要求:Python 3.11(推荐 3.12,<3.13);CUDA 12.1+(推荐 12.4+);GPU 显存 24 GB(7B bf16)或 80 GB(40B);内存 32 GB 或 128 GB。

限制:7B/40B 推理依赖 GPU;40B 在小于 80 GB 显存上会 OOM,可改用 evo2_7b 或用 device_map 分片;若 HF_HOME 指向只读挂载需设 HF_HUB_OFFLINE=1;score_sequences 需传字符串而非张量。预测实验轨迹(表达、可及性)应使用 borzoi,蛋白质任务应使用 fair-esm2 / esmfold2。