SuperAPI AI 工具集

ucsc-genome-browser

编程与开发

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更新于 10-15 22:40

技能介绍

用途:通过 UCSC Genome Browser REST API(https://api.genome.ucsc.edu/)以编程方式访问基因组序列、注释轨道与 hub 数据,覆盖 100+ 组装(hg38、mm39、dm6 等)。API 免费、无需认证、返回 JSON,配合 requests 库使用。

主要能力:按区域获取参考 DNA 序列(getData/sequence);查询任意轨道注释(getData/track),如 refGene 基因结构、RepeatMasker 重复、CpG 岛;列出可用轨道(list/tracks);获取染色体大小(list/chromosomes);获取 PhyloP/PhastCons 逐碱基保守性分数;列出 UCSC 基因组组装与公共 hub。

使用方式:安装 pip install requests matplotlib。坐标采用 0-based 半开区间(BED 格式),start 含、end 不含;浏览器界面为 1-based,转换时 API start = 浏览器 start - 1。轨道数据以轨道名为键返回,BED 类轨道返回含 chrom、chromStart、chromEnd、name、score、strand 的字典列表,bigWig 轨道返回 {start, end, value} 区间。批量请求(>100 次)建议加 0.5 秒延迟。

适用场景:提取启动子/外显子/CRISPR 靶点序列;获取 RefSeq 或 GENCODE 基因结构;查询变异位点保守性;列出并查询注释轨道;获取染色体大小以配置 bedtools、pysam 或覆盖度流程;访问 ENCODE、Roadmap Epigenomics 等公共 hub。

限制:需要网络连接;官方未公布速率限制;若需 Ensembl 稳定 ID、VEP 变异注释或跨物种比较,应改用 ensembl-database;百万级区域批量本地查询应使用 bedtools-genomic-intervals 配合预下载的 UCSC 注释文件。资料未提供收费、价格或平台信息。