用途:TorchDrug 是构建在 PyTorch 之上的药物发现机器学习框架,面向计算化学与机器学习实践者,用于分子图表示学习及相关预测任务。
主要能力:以原子为节点、化学键为边构建分子图;提供 GIN、MPNN、GAT、RGCN、GraphSAGE、AttentiveFP 等 GNN 架构;内置 MoleculeNet 等基准数据集与预训练模型;支持分子性质预测(ADMET、活性)、药物-靶点相互作用(DTI)、逆合成预测、分子生成与 GNN 架构基准比较。
使用方式:需 Python 3.8+,安装 torchdrug、torch、torch-geometric、rdkit,建议使用 CUDA GPU。核心流程为:用 data.Molecule.from_smiles 构建分子图,选择 GNN 编码器,用 tasks.PropertyPrediction 或 tasks.InteractionPrediction 等任务封装,再通过 core.Engine 完成训练、验证与评估。
适用场景:小数据集迁移学习、多任务毒性预测、分子嵌入聚类、自定义 CSV 数据集训练等。
限制:若只需基于指纹的快速性质预测,宜用 RDKit + scikit-learn;蛋白质结构任务(折叠、对接)应使用 ESMFold 或 DiffDock。资料未提供收费、价格与平台信息。