用途
该技能面向空间转录组数据的细胞间通讯分析。基于表达的配体-受体（LR）推断可以排列出可能发生信号传递的分子对，而空间数据则进一步回答发送细胞与接收细胞是否真正相邻。该技能运行一次推断（默认 LIANA 共识，或 CellPhoneDB 统计），将结果整合到一张表中，保留细胞类型在空间上互为邻居的互作，在每个位置对 LR 共表达进行打分，并根据用户的问题将表格收窄，为每个候选标注证据类别。
需要强调的是：配体与受体均表达并不能证明信号传递，所有结果都只是候选。
主要能力
- 在已注释的细胞类型之间排序 LR 配对（LIANA 共识，或 CellPhoneDB v5 统计）
- 将不同工具的结果统一为一张表，含评分与 p 值/排名
- 通过空间邻域富集（Squidpy）筛选空间相邻的细胞类型配对
- 在组织每个位置计算 LR 共表达（双变量局部评分），也适用于无标签的 Visium spot
- 按通路家族（免疫检查点、趋化因子、生长因子、Notch、Wnt、TGF-beta/BMP）聚焦
- 支持按发送者→接收者方向过滤
- 为每个候选给出证据类别（共定位、可能旁分泌、不太可能等）
使用方式
前提条件：输入为 X 中经对数归一化的表达（非 z-score）及 obsm["spatial"]；步骤 2-4 和 6 需要 obs 中有细胞类型列；基因使用基因符号，CellPhoneDB 仅支持人类（小鼠需通过同源基因）；依赖 Python 包 liana、squidpy、scanpy，CellPhoneDB 与 cell2cell 仅对应路由需要。安装命令：
pixi add --pypi liana squidpy scanpy
工作流步骤：
- 输入、物种与面板覆盖度检查
- 在细胞类型之间排序 LR 配对
- 统一结果到一张表
- 保留空间相邻的配对
- 组织上的局部 LR 共表达
- 聚焦问题并分类候选
技能包含预检访谈，询问细胞类型列、LR 数据库资源、方法选择（LIANA 共识或 CellPhoneDB）、关注通路或方向、样本列（多样本时）、表达比例阈值、邻居 z 阈值、带宽、区域列、置换次数等参数。
适用场景
- 在空间切片中寻找哪些已注释细胞类型可能互相发送信号
- 区分相邻细胞类型之间的互作与相距较远细胞类型之间的互作
- 用 CellPhoneDB p 值检验哪些 LR 配对特定于某个发送-接收对
- 在组织上（包括 Visium spot）定位配体与其受体共表达的位置
- 在推断后询问某一通路家族（免疫检查点、趋化因子、Notch、Wnt、TGF-beta）
- 比较不同样本或条件下的通讯程序
限制
- 需要预先注释的细胞类型（步骤 2-4 和 6）；Visium spot 若无标签则只能运行步骤 5，或需先做去卷积
- CellPhoneDB 仅支持人类基因符号
- 靶向面板（如 Xenium 约 400 基因）仅覆盖 LR 资源的一小部分，未覆盖的配对属于未测量而非排除，需在结果中报告覆盖率
- 表达本身不能证明信号传递，结果均为候选
- 若仅需邻域富集或共现分析而不涉及 LR 配对，应使用 spatial-transcriptomics-analysis-squidpy
其他路由
- CellPhoneDB v5 统计：逐对置换 p 值、DEG 驱动或微环境限定检验
- LIANA 多样本：按样本排序、Tensor-cell2cell、MISTy
- 文献证据：在步骤 6 之后提供文献支持与验证建议