用途：smina 是 AutoDock Vina 1.1.2 的分支，侧重可定制打分函数与局部能量最小化，用于分子对接、重打分、局部优化和批量虚拟筛选。
主要能力：直接接受 SDF/MOL2/PDB 配体，无需手动转 PDBQT；可用参考配体自动定框（--autobox_ligand、--autobox_add）；内置 default、vina、vinardo、dkoes_scoring、dkoes_scoring_old、ad4_scoring 等打分函数，并支持 --custom_scoring 自定义加权项；可输出逐原子打分贡献（--atom_term_data）。支持仅打分（--score_only）、仅局部最小化（--local_only、--minimize、--minimize_iters）等模式。
使用方式：仅命令行，Python 中通过 subprocess 调用。受体需先用 ADFR Suite 的 prepare_receptor 生成 PDBQT；配体可用 RDKit 生成 3D 坐标并写为 SDF。典型命令：smina -r receptor.pdbqt -l candidate.sdf --autobox_ligand ref.pdb --autobox_add 8 -o docked.sdf --exhaustiveness 16 --num_modes 9 --seed 42。结果 SDF 中亲和力存于 minimizedAffinity，RMSD 存于 minimizedRMSD，stdout 末尾打印亲和力表。
适用场景：已有位点的重打分与局部优化、单点结合能计算、自定义打分函数对接、多配体批量筛选（每配体一个进程便于并行）、逐原子能量分解辅助药物化学设计。
限制：仅 CLI，无 Python 绑定；受体 PDBQT 需外部工具准备；若需 Vina Python 绑定、Vinardo 或 Vina 1.2 扩展力场应改用 autodock-vina-docking；结合位点未知时应改用 diffdock。安装可用 conda install -c conda-forge smina openbabel，并 pip install rdkit prody pandas py3Dmol。