用途:为 CRISPR 实验寻找或设计 sgRNA,按“已验证序列→预计算数据集→从头设计”三层优先级推进,降低实验失败风险。
主要能力:第一层检索本地 Addgene 已验证 sgRNA 数据库(resource/addgene_grna_sequences.csv,含基因、物种、应用、序列、质粒与 PubMed 编号等字段),并强制配合文献检索(advanced_web_search_claude)补充未入库序列;第二层从 CRISPick 的 238 个预计算数据集下载,按 Combined Rank 默认排序,也可按 On-Target 或 Off-Target Rank 排序;第三层按规则设计:SpCas9/SaCas9 用 20 bp protospacer,Cas12a 用 23–25 bp,GC 40–60%,避开 TTTT 与超过 4 的均聚物。
必要用法:先查数据库,再查文献,两者均无结果才进入第二层;下载链接见 resource/CRISPick_download_links.txt,可用 grep 匹配如 9606_GRCh38_SpyoCas9_CRISPRko,再 wget 下载并 gunzip 解压。每个基因建议选 3–4 条来自不同外显子的 sgRNA。
适用场景:常见人/鼠基因敲除、全基因组筛选、CRISPRa/CRISPRi、非模式生物或自定义位点。
限制:PAM 因 Cas 变体而异(SpCas9 为 NGG,SaCas9 为 NNGRRT,Cas12a 为 TTTV);AsCas12a 与 enAsCas12a 不可互换;敲除应靶向前 50% 编码序列,CRISPRa 靶向 TSS −200 至 +1,CRISPRi 靶向 −50 至 +300;高排名 sgRNA 仍有约 20–30% 失败率,需 Sanger、T7E1、ICE 或扩增子测序验证。具体安装方式与价格暂未提供。