用途：面向药物化学的构效关系分析，将化学系列的结构变化与生物活性变化关联。目标包括找出系列共有骨架（最大公共子结构 MCS）、把每个分子拆解为骨架与 R 基取代基、对齐所有分子使同一位置的取代基可视觉比较，并把取代基变化与活性对应成可检验的设计假设。适用于含 SMILES、化合物标识与数值活性（IC50、Ki、EC50、%inhibition 等）的活性表。
主要能力：用 RDKit rdFMCS.FindMCS 寻找骨架，推荐 threshold=0.8、ringMatchesRingOnly=True、completeRingsOnly=True；用 rdRGroupDecomposition.RGroupDecompose 做 R 基分解，得到每分子 {Core, R1, R2, …}，并剔除所有分子都相同的常数 R 位点；用三段回退策略把片段对齐到母体分子（直接 GetSubstructMatch、AdjustQueryProperties(makeDummiesQueries=True) 后再匹配、useChirality=False），并把母体构象坐标复制到片段以保证 2D 描绘可读；生成带活性热图的交互式 HTML 报告（对数色标：绿=高效价/低 IC50，红=低效价/高 IC50），并提供三态排序（默认 CSV 顺序、活性升序、活性降序）；输出 SAR 文字分析。绘图推荐用 DrawMoleculeACS1996，图像列建议最小宽度 300px。
必要用法：运行前先检查数据框以自动识别 SMILES、活性、ID 列，不要硬编码列名；MCS 前先 Chem.AddHs；片段对齐始终从母体复制坐标到片段，而非反向；每条 SAR 结论必须由同一 R 位的成对比较支撑（如化合物 A（R1=X，IC50=…）对化合物 B（R1=Y，IC50=…）），每个设计假设测试 3–4 个类似物。
限制：少于 4 个类似物则数据不足；MCS 过小（<5 原子）说明系列过于多样，应先聚类再逐类分析；所有片段匹配失败时回退到 Compute2DCoords 会失去对齐；线性色标会压缩量程，应使用 log10(IC50) 或 pIC50。其他事实暂未提供。