用途：从一组细菌分离株的 GFF3 注释（Prokka/Bakta 输出，文件内需含 ##FASTA 段）计算泛基因组，输出基因存在/缺失矩阵、非冗余泛基因组参考序列及核心基因比对，用于比较基因组学、附属基因挖掘与系统发育分析。
主要能力：先用 CD-HIT 去冗余，再在各预聚类内做 all-vs-all BLASTP，最后用 MCL 图聚类定义同源基因家族；按频率把基因划分为核心（≥99%）、软核心（95–99%）、壳（15–95%）和云（<15%）；使用 -e 可生成核心基因串联多序列比对，配合 FastTree 或 IQ-TREE 建树；附带 roary_plots.py 可绘制频率分布、矩阵与饼图。
必要用法：安装可用 mamba install -c conda-forge -c bioconda roary，先以 command -v roary 确认是否已存在；典型运行命令为 roary -e --mafft -p 8 -i 95 -cd 99 -o pangenome -f roary_out/ roary_input/*.gff。常见参数包括 -i（BLASTP 最小一致性，默认 95）、-cd（核心基因所需样本比例，默认 99）、-p（并行进程数）、-s（不拆分旁系同源）、-iv（MCL inflation，默认 1.5）、-g（最大聚类数，默认 50000）等。
适用场景与限制：适合 10–10000 个基因组的近缘菌株比较，预期核苷酸一致性高于 95% 时效果较好；约 50 个基因组需 ≥8 GB 内存，500 个建议 32 GB 以上。装配高度碎片化或注释噪声大时官方建议改用 Panaroo，需要旁系同源感知的多阈值聚类可考虑 PIRATE，偏好图论统计分区可考虑 PPanGGOLiN。具体运行耗时受数据规模影响，资料未给出通用保证。