用途:查询与探索 Reactome 生物学通路数据,并对基因/蛋白列表进行通路富集分析。所有接口公开、无需认证,默认返回 JSON。Content Service 基址为 https://reactome.org/ContentService,Analysis Service 基址为 https://reactome.org/AnalysisService。
主要能力:按稳定 ID 查询通路与实体(如 /data/query/R-HSA-69620、/data/participants/{id});关键词搜索并可按类型、物种过滤(/search/query,类型含 Pathway、Reaction、Protein、Complex 等,另有 /search/suggest 自动补全);通路层级与包含关系(/data/pathways/top/9606、/data/pathway/{id}/containedEvents、/data/event/{id}/ancestors);跨库交叉引用与同源通路(/data/query/{id}/xrefs、/data/orthology/{id}/species/10090);物种列表(/data/species/all)。Analysis Service 支持提交换行分隔的标识符或制表符分隔的标识符+表达值,做过度代表富集,可指定 pageSize、sortBy(如 ENTITIES_FDR)、resource、species,返回分析 token,凭 token 可重新获取与过滤结果,token 数小时内有效,可通过 https://reactome.org/PathwayBrowser/#/DTAB=AN&ANALYSIS={token} 分享。
使用方式:Python 中 pip install requests,用 requests.get / requests.post 调用,富集提交使用 Content-Type: text/plain。稳定 ID(R-HSA-69620 形式)为永久标识,优于内部数据库 ID。标识符支持 UniProt、HGNC 符号、Ensembl、NCBI Gene、ChEBI、miRBase、KEGG 等。
限制:接口无文档化的硬性速率限制,但建议批量请求间隔 time.sleep(0.5);应在结果中检查 identifiersNotFound 判断映射失败情况。代谢通路与跨库 ID 转换宜用 kegg-database,蛋白互作网络宜用 string-database-ppi。如需带缓存的 Python 封装可考虑 reactome2py。其余细节资料未提供。