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quickgo-database

数据与分析

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更新于 10-16 06:19

技能介绍

用途:该技能封装 EBI QuickGO REST API,用于程序化访问基因本体(GO)术语及跨物种蛋白质的 GO 注释。所有端点位于 https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/services/,免费、无需认证、返回 JSON。

主要能力:按 GO ID 获取术语名称、定义、aspect、同义词与废弃状态;按关键词搜索 GO 术语;遍历 GO DAG 的祖先与后代;按 UniProt 蛋白、证据代码、分类单元检索注释;统计注释数量;批量解析多个 GO ID。

使用方式:需 Python 包 requests、pandas、matplotlib,安装命令 pip install requests pandas matplotlib。示例调用:GET /ontology/go/terms/GO:0006915 获取术语元数据;GET /annotation/search 配合 geneProductId、goId、taxonId、evidenceCode、limit、page 参数检索注释;GET /ontology/go/terms/{id}/ancestors 与 /descendants 遍历层级;GET /ontology/go/search 关键词搜索。批量循环建议 time.sleep(1.0)。

适用场景:解析 GO 术语、获取蛋白注释、富集分析前发现术语 ID、按证据代码筛选高置信注释、统计注释分布。

限制:无发布硬性速率限制但建议礼貌访问;注释搜索分页,需用 numberOfHits 与 page 迭代;IEA 为电子注释置信度最低;富集分析应使用 gseapy-gene-enrichment,Swiss-Prot 格式注释应使用 uniprot-protein-database。