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写作与研究

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更新于 10-15 22:40

技能介绍

用途:本技能用于以编程方式访问美国国家医学图书馆的 PubMed 数据库,该库免费提供来自 MEDLINE 与生命科学期刊的 3600 万+ 生物医学文献引用。适合构建结构化检索、自动化文献监测与抽取流程、系统综述与 meta 分析、按 PMID/DOI 获取元数据与摘要、查找相关文献及批量处理记录。Python 原生访问可优先考虑 BioPython(Bio.Entrez);非生物医学的广泛学术检索可考虑 OpenAlex 或 Semantic Scholar。

主要能力:覆盖 NCBI E-utilities REST API,可用布尔运算符(AND/OR/NOT 须大写)、MeSH 主题词与字段标签构造检索式;常见标签如 [tiab]、[au]、[mh]、[pt]、[dp]、[ta]、[affil]、[doi]、[pmid];支持日期过滤(单年、范围、具体日期)、MeSH 副主题(如 /drug therapy、/therapy)、出版物类型过滤(如 randomized controlled trial[pt])与文本可用性过滤(free full text[sb]、hasabstract[text])。端点包括:esearch.fcgi 检索并返回 PMID;efetch.fcgi 下载完整记录;esummary.fcgi 轻量摘要;epost.fcgi 上传 UID;elink.fcgi 相关文献与跨库链接;einfo.fcgi 列出数据库/字段;egquery.fcgi 跨库计数;espell.fcgi 拼写建议;ecitmatch.cgi 引文匹配到 PMID。结果集超过 500 条时可使用历史服务器(usehistory=y 返回 WebEnv 与 QueryKey),配合 retstart/retmax 批量抓取。未指定字段标签时 PubMed 会进行自动术语映射(ATM),可用显式字段标签或引号短语绕过。

使用方式:需安装 HTTP 客户端:pip install requests;可选 pip install biopython。无 API key 限速 3 请求/秒,注册 NCBI 账号获取 API key 后为 10 请求/秒,建议始终在 User-Agent 中附带联系邮箱并按速率加 time.sleep(带 key 约 0.1 秒,不带约 0.34 秒)。

限制:资料未提供价格、收费或效果数据;无 key 时速率较低,超限会返回 HTTP 429;URL 中 PMID 过多会返回 HTTP 414,需改用历史服务器或 EPost;默认 retmax=20,需显式提高到上限 10000;历史服务器会话约 8 小时无活动会过期,需重新 ESearch;缺失摘要可能因文章早于 1975 年或类型限制,可用 hasabstract[text] 过滤。参考资料包含 references/search_syntax.md 与 references/common_queries.md。