SuperAPI AI 工具集

popv-cell-annotation

通用与其它

查看项目

更新于 10-15 22:40

技能介绍

用途:popV(Population Voting)通过多种独立分类算法对无标签查询单细胞数据做参考标签迁移,并以多数投票聚合结果,输出共识标签 popv_prediction 和一致性分数 popv_agreement(一致方法占比)。适合需要共识而非单一模型判断、识别新状态或模糊细胞、评估注释可靠性、处理参考与查询间批次效应较大的大规模图谱,以及需要高置信标签的下游分析。

主要能力:集成 KNN-Harmony、KNN-BBKNN、KNN-Scanorama、KNN-scVI、SCANVI、CellTypist、随机森林、XGBoost、SVM、ONCLASS 等方法;提供预处理、注释、可视化模块;ONCLASS 可借助 Cell Ontology 预测参考中未出现的相邻类型;低一致性可提示新状态或注释缺口。

使用方式:需两个 AnnData 对象——带标签参考 adata_ref(obs 含细胞类型标签)与无标签查询 adata_query,同物种且基因集有重叠,adata.X 为原始计数。安装:pip install popv scvi-tools harmonypy bbknn celltypist。基本流程:用 popv.preprocessing.Process_Query 合并、标准化、选 HVG 并构建联合嵌入,再调用 popv.annotation.annotate_data 运行方法集,最后查看 popv_prediction 与 popv_agreement,可用 popv.visualization.predict_celltypes_umap 或 scanpy 绘图。

适用场景与限制:参考质量直接决定效果,建议每类 50–100 个细胞、类别较均衡;标签粒度越细所需参考越大。一致性分数只衡量方法间是否一致,不代表正确,需用标志基因验证。方法子集、HVG 数量、训练轮数等可按需调整;scVI/SCANVI 建议 GPU,大参考建议 32 GB 内存。具体参数默认值与运行细节以实际数据为准,资料未提供收费、平台与效果保证等信息。