用途：pLannotate 用于对质粒序列进行自动特征注释，适合注释无图谱的质粒、验证组装或突变后元件是否完整、准备 GenBank 提交或 Addgene 存库、批量注释合成构建体、生成可分享的交互式质粒图谱，以及检查合成基因块中的意外调控元件。
主要能力：基于 BLAST 比对策展数据库（Addgene、fpbase、snapgene），识别启动子、终止子、抗生素抗性基因、复制起点、标签和荧光蛋白；支持环状质粒拓扑，避免线性比对在原点处产生的特征拆分假象；输出注释后的 GenBank 文件、交互式 HTML 质粒图谱和 CSV 特征表；提供 Python API、命令行接口和 Streamlit 网页应用。
使用方式：安装可用 pip install plannotate（需 BLAST+ 在 PATH 中）或 conda install -c conda-forge -c bioconda plannotate（推荐，自动处理 BLAST+）。Python 中调用 annotate(sequence, linear=False, db="addgene") 进行注释，再用 write_genbank 和 create_bokeh_chart 导出结果。命令行可用 plannotate batch --input plasmid.fasta --output results/ --html --csv，网页应用用 plannotate streamlit 启动。关键参数包括 linear（默认 False 表示环状）、db（addgene/fpbase/snapgene）、min_len 和 blast_identity_threshold（默认 95）。
适用场景与限制：适合质粒大小序列（通常 1–20 kb，最大约 50 kb），超过 50 kb 可能较慢；需要完整 GUI 质粒编辑、引物设计或克隆模拟时建议使用 SnapGene 或 Benchling；注释完整细菌基因组或大型线性染色体序列建议使用 Prokka。注释质量依赖 BLAST 相似度和查询覆盖率，低置信度命中需人工复核。资料未提供收费、价格或平台限制信息。